Подготовка этой экспедиции шла легче: на руку был и опыт, и известность Шеклтона. На этот раз он намеревался достичь обоих Южных полюсов (географического и магнитного) и провести немало исследований. Он особо не скрывал, что важней для него была первая цель, тем более что подобные экспедиции в то же время снаряжали и зарубежные путешественники, и Скотт. В команду вошли два геолога, биолог, метеоролог, фотограф-картограф и физик.
С началом 1908 года экспедиция отплыла от берегов Новой Зеландии. На этот раз помимо собак, с которыми было непросто управляться в прошлой экспедиции, взяли низкорослых восточносибирских лошадей и автомобиль (подаренный спонсорами в рекламных целях). Преодолев льды, команда построила зимовочную хижину и предприняла восхождение на вулкан Эребус. Во время зимовки активно велись исследования. В конце зимы началась активная подготовка к походу на юг. Группа стартовала в последние дни октября, через месяц пути был достигнут прежний рекорд. Несмотря на отставание от плана и потерю одного за другим всех пони, движение не прекращалось. Девятого января 1909 года группа достигла 88°23′ ю. ш. Люди устали и были сильно истощены из-за тяжелого снаряжения и необходимости экономить пищу, и Шеклтон принял непростое решение: поставить английский флаг, оставить капсулу с отчетом о путешествии и повернуть обратно. Скорее всего, это решение далось ему нелегко. Позже он вспоминал: «Никто не мог сказать, что мы обнаружим на пути к полюсу, а какие чудеса нам так и не откроются. Воображение окрыляет нас, пока мы не оступимся в снегу, не почувствуем острую боль от голода или тупую – от физической усталости, которая вернет нас к насущным делам». «Наши геологические и метеорологические исследования принесут огромную пользу науке, однако все это не полюс», – записал он в дневнике 2 января.
Даже приближаясь к конечному пункту своего маршрута, участники похода не прекращали свои измерения, продолжали наносить на карту обследованные ими районы, собирать геологические образцы.
Несмотря на приподнятое настроение, люди добрались до базы едва живыми. Если бы решение о прекращении похода к полюсу было принято чуть позже, им не хватило бы сил и времени, чтобы вернуться (как и случилось с группой Скотта в 1912 году). Тяжелый поход другой группы, к Южному магнитному полюсу, закончился достаточно благополучно.
В середине июня экспедиция вернулась в Англию и встретила там восторженный прием. Среди поздравлений звучал и голос Скотта, отношения с которым вроде бы улучшились. Хотя не обошлось и без ложки дегтя: скептически к достижениям Шеклтона отнеслось Королевское географическое общество, подозревавшее его в неточности измерений.