Расследование дела заняло действительно «многое время». Р.Г. Скрынников установил, что арест Романовых состоялся еще осенью, в ноябре 1600 года и следствие тянулось более полугода[89]. Тронуть Романовых, без того, чтобы нарушить иерархию многочисленных боярских и княжеских родов было невозможно. Тогда действовало правило, что за действия одного родственника отвечал весь род. Еще до того как случилась романовская катастрофа, у нее были грозные предвестники. Царь Борис Годунов действовал по веками проверенному принципу «разделяй и властвуй». В 1600 году Федор Никитич Романов проиграл местнический спор князю Федору Андреевичу Ноготкову-Оболенскому, не боявшемуся, как мы помним, даже обидеть других Оболенских — Репниных, в своих счетах с Романовыми. Решение царя Бориса Годунова полностью удовлетворяло амбиции князя Федора Андреевича и ставило его «местами больше», не только Федора Никитича Романова, но и его деда — отца царицы Анастасии Романовны. А.П. Павлов, обративший внимание на этот случай, писал: «Этим самым как бы перечеркивалось правительственное значение рода Романовых, основанное на родстве с прежней династией»[90]. Следовательно, при желании полностью уничтожить местническое значение рода Романовых царь Борис Годунов мог бы организовать их преследование без пролития крови. Не меньше, если не больше, жаждали изгнания Романовых из Думы другие бояре, пылавшие гневом на них «аки зверие», что и проявляется в деталях расследования дела.
За время следствия царь Борис Годунов, видимо, убедился в справедливости обвинений в умысле на его жизнь, поэтому в итоге прямым гонениям подверглись все Романовы — братья Федор, Александр, Василий, Михаил, Иван Никитичи и дочери Никиты Романовича княжна Евфимия Никитична Сицкая и княжня Марфа Никитична Черкасская со своими семьями[91]. Старшего боярина Федора Никитича заставили принять постриг и разлучили с женой Ксенией Ивановной Шестовой и детьми, сослав его на Двину в Антониев-Сийский монастырь. «Виновника» общих бед Александра Никитича царь Борис Годунов «сосла к Стюденому морю к Усолью, рекомая Луда», где он и погиб. Также умерли в ссылке братья Михаил Никитич и Василий Никитич, которых, по обвинению летописца, «удавиша» в Наробе и Пелыме. Оставшегося брата Ивана Никитича, выдержавшего ссылку в Пелыме, сначала «моряху гладом», но потом помиловали и разрешили ему в 1602 году воссоединиться с остатками романовской семьи в их вотчине в селе Клины Юрьев-Польского уезда. Умер в ссылке на Белоозере князь Борис Канбулатович Черкасский, но его жене и детям Борис Годунов дальше уже не мстил и они тоже оказались в Клинах (все послабления Романовым и их ссыльным родственникам были сделаны царем Борисом Годуновым в начале сентября 1602 года, накануне приезда в Москву датского королевича Иоганна — жениха царевны Ксении Годуновой). Другие близкие родственному кругу Романовых князья Сицкие, князья Шестуновы, Шереметевы, Долматовы-Карповы, которых затронуло следствие, были наказаны не так сурово, ссылкой в «понизовые города» и на дальние воеводства. Из этого ряда несколько выделяется тяжелая опала князя Александра Андреевича Репнина, но об его самых дружеских отношениях с боярином Федором Никитичем Романовым хорошо известно.