За полвека доминирования в Боярской думе род Романовых имел самые устойчивые позиции, обеспеченные им родством с первой женой царя Ивана Грозного Анастасией Романовной. Ее брат и царский шурин Никита Романович при других обстоятельствах мог быть таким же правителем, как и Борис Годунов. Первенствующее положение в Думе Никиты Романовича было неоспоримо. Его детей Федора, Александра, Василия, Михаила и Ивана, которых на Москве ласково звали Никитичами, любили как наследников заслуженного рода и детей известного боярина, оставившего по себе память даже в исторических песнях. У правителя Бориса Годунова был «завещательный союз дружбы» с Никитой Романовичем, умершим в самом начале царствования Федора Ивановича. Об этом союзе писал близкий к Романовым человек — князь Иван Михайлович Катырев-Ростовский, и ему можно верить. Борис Годунов, когда был правителем Московского государства, выполнял условия этого завещания. Федор Никитич Романов первым получил боярский чин и заседал в Думе. Александр Никитич Романов попал в Боярскую думу самым первым, по воцарении Бориса Годунова. И от всего этого царь отказывался и обрушивал свой гнев даже не на одних старших братьев Романовых, с которыми он при послушной Думе, мог справиться и раньше, а на весь романовский род вместе с ближайшими родственниками.
«Новый летописец» рассказывал о начавшемся следствии: «Федора же Никитича з братьею подаваша за приставы и повелеша их крепити; сродников же их: князь Федора Шестунова и Сицких молодых и Карповых роздаша за приставы ж. По князя Ивана же Васильевича Сицкова послаша в Острохань и повелеша его привести и с княгинею и з сыном к Москве сковав. Людей же их, кои за них стояху, поимаша. Федора ж Никитича з братьею и с племянником, со князь Иваном Борисовичем Черкаским, приводите их не одиново к пытке. Людей же, раб и рабынь, пытаху розными пытками и научаху, чтоб они что на государей своих молвили. Они же отнюдь не помышлякяце зла ничего и помираху многие на пытках, государей своих не оклеветаху. Царь же Борис, видя их неповинную крове, державше их на Москве за приставы многое время; и, умысля на конешное их житие, с Москвы посылаше по городом и монастырем»[88]. Как видно следствие затронуло весь разветвленный клан Романовых не только по мужской линии, но и их родственников по женской линии — князей Сицких, Черкасских и других. Доказательств, кроме «корениев», больше никаких получено не было, но и их было достаточно, так как это было прямым нарушением крестоцеловальной записи Борису Годунову.