Поездка Теплоухова на Алтай очень расширила его ботанический кругозор. Он увидел, как меняется растительный мир при подъеме в горы, как на смену ковыльной степи приходит темнохвойный лес, а на смену лесу — пышный субальпийский луг, расцвеченный цветами. Путешественник выделил на Алтае три растительные зоны — степную, лесную и альпийскую и описал их в своих работах, сделал ценные наблюдения об отношении лиственницы к пожарам, о высотной границе сосны и лиственницы на Алтае.
Благодаря повседневному общению с природой и большой наблюдательности Теплоухов стал хорошим флористом, отлично изучил флору Среднего Прикамья. Около села Ильинского он нашел новый вид фиалки и в честь своего учителя ботаники по Тарандтской лесной академии Морица Виллькомма назвал ее фиалкой Морица. Как оказалось впоследствии, эта фиалка с небольшими бледно-фиолетовыми цветами встречается и в других местах Европейской части России, произрастая в хвойных лесах. Новый вид фиалки получил признание ученых ботаников: Viola Maurittii Teplouch — фиалка Морица, впервые описанная Теплоуховым, нашла место в капитальном труде Ботанического института Академии наук СССР — «Флоре СССР».
Свои познания в области местной флоры Теплоухов стремился использовать для оказания помощи краеведам в изучении растительности Урала. Ему хотелось составить определитель растений. В 1885 году он писал своему другу известному екатеринбургскому ботанику-самоучке, основателю Уральского общества любителей естествознания Онисиму Егоровичу Клеру: «Давайте совместно составим «Руководство к определению растений Среднего Урала». Этим руководством мы значительно облегчили бы изучение флоры нашего края для других». Из письма видно, что Федор Александрович думал об определителе, которым могли бы воспользоваться широкие круги и с большой пользой для края. «Одним из главных условий, — указывал он, — я считаю придание ему (определителю — С. Н.) общеобразовательной во всех отношениях формы» (из письма от 7 января 1885 года). Теплоухов знал, что Клер, как и он, влюблен в природу, что в свободные часы совершает ботанические экскурсии, что у него накопилось много наблюдений над уральской флорой. Все это было так. Теплоухов и Клер располагали достаточным материалом для составления определителя растений, но у них не хватало времени. Клер помимо основной работы (смотрителем Екатеринбургской магнитной и метеорологической обсерватории) уделял много времени созданному им Уральскому обществу любителей естествознания. А Теплоухов был связан работой в должности главного лесничего имения. Правда, поездки по имению давали ему возможность собирать материалы о крае, о лесах края. Много материалов поступало к нему и от его добровольных корреспондентов. Помощник лесничего из Кына Н. Саламатов, например, часто присылал растения. Но обработать собранный материал далеко не всегда удавалось, хотя Федору Александровичу в этом деле много помогали члены его семьи, особенно супруга.