Изучив все эти факторы, следствие решило возложить всю вину на капитана Владимира Клейменова, который во время столкновения отдыхал в каюте. Поскольку на капитане не было обнаружено телесных повреждений, а команда судна не проявила никаких признаков дисциплины после катастрофы, на него также была возложена ответственность и за самоустранение от спасения пострадавших. Клейменов был приговорен к десяти годам лишения свободы. На седьмом году заключения капитан «Александра Суворова» был освобожден по состоянию здоровья и через несколько месяцев умер от инфаркта.
Схожие обстоятельства сопутствовали «преступлению» Вадима Маркова, капитана парохода «Адмирал Нахимов», затонувшего в Черном море 31 августа 1986 года. Собственно его вина, за которую он был осужден на четыре года лишения свободы, заключалась в том, что капитан, задав обороты и курс судна, в 23 часа направился в свою каюту. На мостике остался второй помощник Чудновский, который обнаружил у выхода из порта Новороссийск опасное сближение с сухогрузом «Петр Васев». Он вышел на связь с ним и уточнил порядок расхождения, на что получил подтверждение, что сухогруз пропускает пароход.
В итоге «Петр Васев», успев лишь незначительно погасить скорость, вошел в середину правого борта парохода. По официальной версии, в результате катастрофы погибло 423 пассажира и членов экипажа. В марте 1987 года капитанов Вадима Маркова и Виктора Ткаченко («Петр Васев») признали виновными по статье 85 УК РСФСР («Нарушение правил безопасности движения и эксплуатации транспорта»): первый получил четыре года, второй — десять лет лишения свободы. В ноябре 1992 года указами президентов Украины и России оба капитана были помилованы и выпущены на свободу.
Таким образом, вместо разбора и анализа всех причин, создавших предпосылки для возникновения трагедии, поиска ответственных, следствие в описанных выше случаях исходило из того, что во всем происходящем с судном на воде всегда виноват капитан — даже если он никак не мог совершить ошибку, находясь, например, в тот момент во сне».
В истории расследования уголовного дела по крушению «Булгарии» все было иначе. Следователи начали с нуля изучать основы судоходства и судовождения, принципы ремонта речных судов и условий их выхода в плавание. В результате был проделан колоссальный объем работы — изучено огромное количество документации, проведено более тысячи допросов, около трех десятков обысков и выемок в различных регионах России, наконец — более двухсот экспертиз различного уровня сложности. Самой сложной из них стала уникальная комплексная судоводительская и инженерно-техническая экспертиза, которая проводилась в течение восьми месяцев — с августа 2011 года по март 2012 года. Именно по ее результатам окончательно определился круг подозреваемых. Такая напряженная и скрупулезная работа, длившаяся около года, позволила следователям установить во всех деталях и подробностях причинно-следственную связь между противоправными действиями обвиняемых и трагической гибелью более чем сотни людей. При этом необходимо было полностью воспроизвести действия каждого, дать оценку этим действиям, сопоставить их с техническим состоянием судна.