Мазепа, тем временем расчищая себе путь, на который направляла его излишняя отвага и чрезмерная злоба, к неизбежному провалу, отстранял от себя всех подозрительных ему людей, не способных поддержать в его замыслах, а некоторым из них искал и самой смерти. Именно поэтому в 1706 году отправил несвоевременно и вопреки всем военным правилам стольника и стародубского полковника Михайла Миклашевского с его полком к литовскому городу Несвиж. А полковника переяславского Мировича – против других Мировичей, родственников гетмана, а значит, и против самого Мазепы, – отправил с полком его к польскому городу Ляховичи, повелев им сражаться с целыми корпусами шведов и поляков, не допуская их соединения между собой. Оба те полковника со многими урядниками и их полками мазепиным предательством уничтожены. Миклашевский, сражаясь с врагом под Несвижем и не в состоянии преодолеть многочисленности вражеской армии, пробился сквозь неприятеля к несвиженскому замку и там отбивался пять дней, но наконец, обессилев от вражеских атак, был изрублен со всем полком. А Мирович, будучи окруженным под Ляховичами, после долгой обороны попал в плен со многими урядниками и известными казаками и отправлен в столицу Швеции Стокгольм, где и умер.
Царь Петр Алексеевич 1 июля 1707 года, прибыв в Чернигов, отправился оттуда рекою Десной на судах в Киев и вместе с гетманом Мазепой 17 августа заложил крепость, названную Печерской, и по тому случаю салютовали стрельбой из мушкетов и пушек. От присутствующих при этом многих малороссийских урядников был подан государю донос Генерального судьи Кочубея и полтавского полковника Искры о задуманном предательстве гетманом, который склоняется к королю шведскому. Царь велел проверить донос и для этого назначил особую комиссию во главе с вельможей Шафировым. Следствие продолжалось несколько месяцев, доказательство и справки были рассмотрены со всей строгостью и опытом, но ничего на гетмана подозрительного найти не удалось. Все доказательства заключались в слухах от ненадежных людей, которые при очных ставках все отрицали, в том числе и разговор гетмана о союзе со шведским королем. После завершения следствия комиссия вынесла приговор, по которому доносителей засудили к смертной казни за безосновательное унижение гетмана таким большим преступлением. Царь утвердил тот приговор и выслал осужденных на казнь гетману. Но тот, по своему природному лицемерию, отказался удовлетворить свою собственную претензию, а передал виновных на волю царя, как государственных преступников. Петр велел экзекуцию над ними провести комиссии, которая их осудила. После этого им отрубили головы в селе Борщаговка под Белой Церковью на глазах войска, которое стояло там табором. Тяжкое преступление Мазепы, скрытое непроглядной тайной, и легкие на него доказательства, так неудачно составленные Кочубеем и Искрою, свидетельствовали о мудрости первого и искренней простоте других, но народная молва уверяла, что они так поспешно и неудачно поступили, будучи движимыми ревностью относительно жены Искры, которая имела подозрительные отношения с гетманом.