Избавившись от сердюков, Меншиков приступил к безоружным жителям, которые находились по своим домам и участия в замыслах Мазепы не принимали, уничтожил их всех до одного, не обращая внимания ни на пол, ни на возраст, в том числе и самых маленьких молочных детей. После этого начался грабеж города войсками, а их начальники тем временем карали связанных сердюков и гражданских урядников. Обычной карой для них было четвертование живьем, колесование и убийство на колу. Были и другие пытки, которые поражали воображение. Удивительная ли такая жестокость у такого человека, как Меншиков? Когда он был пирожником и разносил по Москве пироги, то льстился к тем людям, которые покупали его пироги, а когда стал князем и полководцем, то по-варварски казнил людей, составивших ему огромные богатства. Батуринскую трагедию Меншиков завершил огнем и расплавленной серой: весь город и все публичные его строения, т. е. церкви и правительственные дома с их архивами, арсеналы и магазины с запасами со всех концов подожгли и превратили в пепелище. Тела убитых жителей с младенцами брошены на улицах и за городом с приказом не хоронить их. Меншиков, торопясь с отступлением и будучи чужд человечности, бросил их на съедение птицам и зверям, а сам, нагруженный огромными ценностями и скарбами городскими и национальными и забрав из арсенала 315 пушек, отойдя от города и проходя городские окрестности, сжигал и разрушал все, что попадало ему на пути, превращая жилища в пустыню.
Такая же судьба досталась большей части Малороссии. Отряды царского войска, разъезжая по ней, сжигали и грабили все селения без исключения по неслыханным законам войны. Малороссия еще долго дымилась после огня, который ее пожирал. Народ, познавший бездонную пропасть горя, несчастья, приписывал свою горькую судьбу шведам, ненавистным им за то, что те по средам и пятницам ели молоко и мясо, у него же купленное.
Новгород-Северский подготовлен был Мазепой для первого приема и отдыха шведского короля и его армии. Он был сильно укреплен и имел большой склад с запасами в замке, а для охраны крепости и склада введен один сердюцкий полк под командованием его полковника Чечеля и две сотни реестровых казаков Новгорода и Топальска под командованием новгородского сотника Лукьяна Журавки.
Царь со своими войсками подошел к городу и стоял на противоположном берегу Десны, напротив него, в селе Погребки, квартируя в доме тамошнего казака Мальчича. Сотник Журавка, по согласованию с новгородским протопопом Лисовским и казацкими старшинами, которые ненавидели сердюков за их бесчинства и наглость и старались им за это отомстить, через хорунжего Худорбая известили царя, что они могут сдать город, если он направит свои войска к городу ночью со стороны луга. Царь на то известие сразу же выслал необходимое количество войска в назначенное место, а сотник со своей командою и жителями города провели и впустили их в город так называемыми «Водными воротами», расположенными между замком и монастырем. Царские войска, напав неожиданно на сердюков в городе и в замке, всех их уничтожили и заняли город.