Однако предубеждения были еще сильны. Многие чекисты по-прежнему считали недостойным революционеров использование агентуры. Обсудив проблему вербовки агентуры среди политических противников Советской власти, на заседании 18 марта 1918 г. коллегия ВЧК под председательством Дзержинского приняла решение: «Пользование провокацией безусловно отклонить».
Важным направлением в развитии негласного аппарата ВЧК было создание массовой осведомительной сети. Осведомители органов ВЧК и особых отделов составляли так называемую службу осведомления. Основной ее задачей было получение информации о контрреволюционных проявлениях, злоупотреблениях, которые могли сказаться на боевой готовности частей Красной Армии или отразиться на работе советских учреждений.
Параллельно с формированием осведомительного аппарата развивались и другие средства оперативной деятельности чекистских органов. С первых же дней создания ВЧК возникла служба наружного наблюдения («наружная разведка»). Наружное наблюдение рассматривалось как вспомогательное средство в оперативно-розыскной работе. Оно устанавливалось за контрреволюционными и спекулятивными элементами с целью проверки сведений, получаемых от осведомителей. При его помощи устанавливалось место жительства, род занятий, образ жизни и связи определенных лиц.
ВЧК взяла на вооружение и такое важное средство оперативной деятельности, как перлюстрация корреспонденции (ПК). Первые сведения о службе ПК относятся к осени 1918 г. Так, 30 ноября ВЧК приняла решение об организации контроля корреспонденции через комиссаров почтово-телеграфных учреждений. Через два дня ВЧК издала приказ, предоставлявший местным ЧК право время от времени проверять корреспонденцию контрреволюционеров по соглашению с комиссаром почтового учреждения. Органы ВЧК широко использовали для контроля корреспонденции учреждения военной цензуры, которые были созданы в октябре 1920 г. при особых отделах. К концу Гражданской войны служба ПК по существу слилась с военной цензурой.
В 1918–1920 гг. были сделаны первые шаги по организации оперативного учета «враждебных советской власти элементов», основывавшегося на их регистрации. Чрезвычайные комиссии больше всего уделяли внимания регистрации бывших офицеров и членов их семей. Кроме учета как такового (в интересах оперативно-розыскной работы), регистрация помогала военным властям в ходе проведения мобилизации и резко ограничивала попытки подпольных организаций вербовать офицеров в свои ряды с последующей переброской в районы действия белых армий.