После завершения русско-японской войны 1904–1905 гг. при штабах военных округов были образованы разведывательные отделения, которые под общим руководством Особого делопроизводства ГУГШ вели разведку на сопредельной территории иностранных государств. Так, по состоянию на 1909 г. разведывательное отделение штаба Петербургского военного округа осуществляло разведку в Скандинавских странах и Великобритании, их коллеги из Варшавского военного округа — в Германии и частично в Австро-Венгрии.
С началом Первой мировой войны управление и руководство агентурной разведкой в России осуществляли два органа — ГУГШ и Ставка Верховного Главнокомандующего. В частности, на отдел генерал-квартирмейстера штаба Верховного Главнокомандующего замыкались разведывательные отделения штабов фронтов и входивших в их состав армий.
В 1915 г. был создан Разведывательный отдел при российском Морском Генеральном штабе, который руководил работой разведывательных отделений штабов флотов и российских военно-морских атташе в союзных и нейтральных странах.
В целях обмена информацией о противнике и координации работы в годы войны в Париже представителями разведслужб стран Антанты было образовано Межсоюзническое бюро (МСБ). Русская секция МСБ просуществовала до января 1918 г., после чего была ликвидирована французскими властями.
Помимо МИД и военных ведомств на рубеже XIX–XX вв. разведывательную работу за рубежом вели и некоторые другие министерства. В частности, министерства финансов, торговли и промышленности пытались собирать через своих сотрудников, прикомандированных к российским дипломатическим представительствам, секретные сведения финансового, коммерческого и экономического характера. Использовались также возможности отечественных предпринимателей, поддерживавших контакты с иностранными коммерческими предприятиями и банками.
Самостоятельную разведывательную работу вело Министерство императорского двора. При дворах иностранных монархов имелись специальные представители русского царя, которые по мере возможности собирали закрытые и открытые сведения о придворной жизни, взаимоотношениях внутри политической элиты, другую полезную информацию политического и военного характера.
Несмотря на очевидную необходимость координации усилий различных ведомств в области ведения внешней разведки, до 1917 г. этого сделано не было. Более того, в практической деятельности нередко одни министерства умышленно чинили препятствия другим, рассматривая их в качестве конкурентов.