Председателями ЧК старались назначать большевиков с дореволюционным стажем, обладавших опытом руководящей работы и знакомых с основами конспирации. Почти столь же высокие требования предъявлялись и к руководителям особых отделов. На эти должности стремились назначать людей с опытом практической деятельности в органах ВЧК, знакомых с военной обстановкой, красноармейской средой и методами нелегальной работы. В национальные ЧК, в первую очередь, направлялись кадры, знавшие национальные языки, обычаи и традиции местного населения и способные вести решительную борьбу с проявлениями местного национализма и великорусского шовинизма.
Работа в чекистских органах, наделенных широкими правами, требовала высоких моральных качеств сотрудников. «Ни в одном учреждении, — писал Петерс, — не было столько соблазна, сколько в ВЧК, особенно в тяжелые 1918–1919 годы». Поэтому Дзержинский требовал от чекистов безукоризненной моральной чистоты.
Лица, направляемые на службу в ВЧК, должны были обладать и определенным уровнем образования. Чтобы успешно вести борьбу с врагами Советской власти, отмечал Д. Г. Евсеев, чекист должен разбираться «в программах партий, быть в курсе политических течений и направлений, следить за политической жизнью». Кроме того, от сотрудников ЧК и особых отделов требовались умение критически относиться к сообщениям агентов и осведомителей, знание психологии людей, а для этого нужна была определенная общеобразовательная подготовка.
Все большее значение приобретала и проблема закрепления чекистских кадров. Поскольку ВЧК и местные чрезвычайные комиссии до осени 1920 г. относились к учреждениям гражданского типа, то военное ведомство непрерывно мобилизовывало в Красную Армию их сотрудников. Многие чекисты-коммунисты отправлялись на фронт в порядке партийных мобилизаций. Уже в июле 1918 г., в связи с призывом в армию 136 сотрудников ВЧК, Петерс обратился в Совнарком с ходатайством о том, чтобы Народный комиссариат по военным делам откомандировал часть мобилизуемых чекистов в распоряжение ВЧК. 13 июля 1918 г. Совнарком рассмотрел ходатайство ВЧК и принял декрет об откомандировании в ее распоряжение 102 сотрудников. 14 ноября 1918 г. СНК постановил, что незаменимые штатные сотрудники Всероссийской, губернских, уездных и районных ЧК при призыве их сверстников в армию по мобилизации зачисляются на действительную военную службу, продолжая исполнять свои прежние обязанности.
Порядок мобилизаций чекистов был закреплен в постановлении Совета труда и обороны от 17 сентября 1920 г. Этим решением сотрудники ЧК приравнивались к военнослужащим действующей Красной Армии в вопросах пользования железнодорожными и водными путями сообщения, снабжения продовольствием, обмундированием и т. д.