Пока шли переговоры с участием директора ФСБ Н. Д. Ковалёва и шведского посла Свена Хирдмана, «Альфа» готовила план освобождения своего сотрудника и нейтрализации преступника. После полуночи Савельев перенёс сердечный приступ: агрессивный Кобяков потребовал передать ему коньяк в обмен на допуск врачей к заложнику, которые сделали Савельеву инъекцию. После часа ночи оперативники пошли на штурм: последовала перестрелка, в ходе которой снайперы всё же застрелили Кобякова. Савельева, находившегося в состоянии клинической смерти, срочно доставили в 64-ю городскую больницу. Несмотря на все усилия врачей, Савельева спасти не удалось. 22 декабря 1997 года начальник штаба группы «Альфа» полковник Анатолий Николаевич Савельев был посмертно удостоен звания Героя России.
Участие в сражениях Второй чеченской войны бойцов Управления «А» ЦСН ФСБ России: Осенью 1999 года в Дагестан вторглись исламские боевики, и для предотвращения дальнейших действий с их стороны в республику были направлены бойцы «Альфы». В том же году «Альфа» вступила в бои в Чечне против сил Чеченской Республики Ичкерия и иностранных исламских наёмников, которые шли в рамках начавшейся Второй чеченской войны. Параллельно в январе 2000 года в Иерусалиме оперативники входили в состав сил, охранявших Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II, который посетил Иерусалим по случаю 2000-летия Рождества Христова.
В марте 2000 года «Альфа» участвовала в нескольких важнейших операциях в Чечне. С 5 по 20 марта 2000 года в селе Комсомольское Урус-Мартановского района велись бои против вооружённой группы Руслана Гелаева: в ходе боёв на юго-западной окраине Комсомольского снайперская группа «Альфы», подошедшая с КП «Запад», помогла ликвидировать чеченских снайперов, которые не позволяли пополнить боеприпасы экипажам танков. В составе группы снайперов присутствовал в качестве наблюдателя майор А. В. Перов. 13 марта в посёлке Новогрозненский оперативно-боевая группа Центра специального назначения ФСБ, куда входили и бойцы «Альфы», используя тщательную маскировку участников, схватила «генерала армии Джохара Дудаева», полевого командира Салмана Радуева. В тот день Радуева пригласили на встречу в посёлок с земляком, который обещал одолжить ему 7 миллионов долларов, припрятанных в некоем тайнике, и он прибыл на встречу с охранником и казначеем, однако всех обезвредили усыпляющими инъекциями, а сам Радуев очнулся уже в самолёте спецслужб. 30 марта того же года в посёлке Ведено произошла трагедия: на управляемом фугасе подорвались трое оперативников разведгруппы ЦСН ФСБ, которые разыскивали убийц сотрудников Пермского ОМОНа. Среди погибших был капитан управления «А» Н. Н. Щекочихин, участвовавший в операции по захвате Радуева и награждённый за операцию медалью «За отвагу» (посмертно награждён орденом Мужества).