21 сентября 2000 года — пос. Лазаревское, Краснодарский край. Освобождение строителей гостиницы, захваченных С. Хугаевым и И. Савченко.
19—22 июня 2001 года — станица Ермоловская (Алхан-Кала), Чечня. Сотрудники «Альфы» участвовали в полномасштабной специальной операции по уничтожению группировки полевого командира ЧРИ Арби Бараева (кличка «Эмир Тарзан»), прославившегося серией похищения людей и участии в работорговле в ЧРИ. В операции были задействованы сотрудники ЦСН, разведчики из 46-й бригады внутренних войск МВД, подразделения Министерства обороны. Схрон, в котором находился Бараев, вечером 21 июня обнаружили бойцы отряда «Русь»: в ходе короткого и упорного боя Бараев и его сообщники были уничтожены, но при этом погиб рядовой Е. В. Золотухин (посмертно удостоен звания Героя России).
11 июля 2001 года — село Майртуп Курчалоевского района, Чечня. Уничтожение полевого командира Абу Умара (полное имя — Мухаммед Ас-Сайяф) — подручного Хаттаба, руководителя учебного лагеря «Кавказ», организатора взрывов жилых домов в сентябре 1999 года в Москве и Волгодонске. В ходе операции при обыске дома бойцы «Альфы» обнаружили тайный ход, замаскированный за половицей деревянной лестницы, и после открытия хода оттуда ударили автоматные очереди. Сотрудник «Альфы» был ранен, но его товарищи уничтожили засевшего в укрытии Абу Умара. В операции участвовали две группы бойцов отряда «Русь», которые блокировали отступление Абу Умара в горы.
31 июля 2001 года — Минеральные Воды. Чеченцем Султан-Саидом Эдиевым захвачен автобус «Икарус», следовавший рейсом Невинномысск — Ставрополь; террорист потребовал освобождение пятерых преступников, осуждённых в 1994 году за захват пассажирского самолёта в Минводах, в обмен на жизни более 30 пассажиров. В ходе штурма автобуса Эдиев был убит, заложники не пострадали. При обыске на теле Эдиева обнаружили стакан с боевой гранатой Ф-1 с выдернутой чекой, вставленной запалом вниз; ряд проводов, шедших к поясу на животе, и 1,5 кг литого тротила. Старшие в операции — начальник Управления «А» В. Г. Андреев и А. И. Мирошниченко.
12 февраля 2002 года — Старые Атаги, Чечня. В районе данного села во время разведки завязался бой против банды Хизира Хачукаева, насчитывавшей от 16 до 50 человек. Погибли двое оперативников «Альфы» — майор М. П. Марченко и майор Б. Б. Курдибанский; ещё двое офицеров были ранены и попали в плен.
Теракт на Дубровке: 23–26 октября 2002 года — Москва, Театральный центр на Дубровке. Группа террористов во главе с Мовсаром Бараевым, собравшись в Москве, взяла в заложники до 800 зрителей мюзикла «Норд-Ост», актёров и работников Театрального центра на Дубровке. Бараев и его люди потребовали прекратить боевые действия в Чечне, угрожая взорвать здание с помощью размещённых в зале мощных взрывных устройств и поясов смертников, скрытых на телах нескольких женщин. В ходе предварительных действий сотрудники ФСБ добились освобождения нескольких десятков человек из числа заложников, однако от рук террористов в зале погибли несколько людей. Силами Центра специального назначения ФСБ был предпринят штурм: с момента штурма и до захвата шахидок, сопровождавших Бараева, прошло около 15–18 секунд. В результате операции был уничтожен 41 террорист (в том числе главарь группы Мовсар Бараев), все террористки-смертницы были убиты выстрелами в голову с близкого расстояния. Освобождено более 750 заложников (из них 60 иностранцев), но 120 человек спасти не удалось. Для нейтрализации шахидок использовался усыпляющий газ, однако целесообразность его применения в присутствии большого числа заложников оспаривают до сих пор.