13 июля 2004 года «Альфа» понесла очередную потерю: в Грозном погиб прапорщик С. А. Цаплин, который осуществлял личную охрану и.о. президента Чеченской Республики Сергея Абрамова. Цаплин находился в автомобиле сопровождения, который был взорван в результате срабатывания радиоуправляемого фугаса.
Операция по освобождению заложников в Беслане: 1–3 сентября 2004 года — Беслан, Северная Осетия. Группа вооружённых боевиков под командованием Руслана Хучбарова по приказу Шамиля Басаева захватила свыше 1100 заложников в здании школы № 1; в первый же день ими были расстреляны более 20 заложников. 3 сентября в 13:05 в здании школы прогремели два мощных взрыва, после чего сотрудники ЦСН пошли на штурм. В ходе многочасовой операции были уничтожены 28 террористов (трое участников захвата, включая одну из смертниц, погибли в период с 1 по 2 сентября), один бандит был захвачен живым. Всего жертвами теракта стали 334 человека (в том числе 186 детей), свыше 800 человек получили ранения. Спасая заложников, погибли три сотрудника «Альфы» — майор А. В. Перов (Герой России посмертно), майор В. В. Маляров, прапорщик О. В. Лоськов, а также семеро бойцов «Вымпела».
Ликвидация Аслана Масхадова и Абу Хафса: 8 марта 2005 года — Толстой-Юрт, Чечня. Ликвидация президента Чеченской Республики Ичкерия Аслана Масхадова. Операция по задержанию Масхадова и его ближайшего окружения планировалась долго и тщательно: благодаря полученной в начале марта 2005 года информации удалось определить адрес убежища Масхадова. В ответ на предложение сдаться боевики ответили категорическим отказом. Оперативно-боевые группы ЦСН обезвредили бандитов, а сам Масхадов был застрелен своим же племянником.
26 ноября 2006 года — Хасавюрт, Республика Дагестан. Ликвидация Абу Хафса (настоящее имя — Фарис Юсейф Умейрат), представителя «Аль-Каиды», командира иностранных исламских боевиков на Северном Кавказе, финансиста «джихада» в Чечне и сопредельных регионах (вместе с ним уничтожены четверо человек). Силовая фаза операции началась на рассвете с уничтожения снайперами двоих боевиков, занявших оборону в частном доме; позже по воротам был произведён выстрел из гранатомёта, а затем на бронированном КамАЗе во двор дома ворвалась штурмовая группа. В ходе получасового боя все боевики были уничтожены.
Деятельность в Дагестане и Сирии: 13 мая 2009 года — Хасавюрт, Республика Дагестан. Уничтожение «амира» Хасавюртовской бандгруппы Арсена Асульбегова в районе горного селения Эндирей. В результате операции погиб капитан Р. К. Холбан.