Ликвидации чеченских «амиров»: В течение 2003 года группа «А» работала в Чечне, занимаясь не только нейтрализацией незаконных вооружённых формирований, но и обнаруживая склады. Так, летом в одном из чеченских сёл группа во главе с майором В. А. Ульяновым обнаружила подозрительный дом, в котором могли скрываться сепаратисты, однако Ульянов предположил, что в доме находился схрон с оружием. Несмотря на то, что за день работы Ульянов не раскопал схрон, последующие группы подтвердили его догадку и обнаружили на большой глубине подпольный склад с оружием и боеприпасами. Осенью того же года состоялась очередная командировка группы «А» в Чечню, которая работала в горах и за время командировки взяла базу чеченских сепаратистов. Утром 8 сентября группа приступила к очередному заданию: в селении Ялхой-Мохк находились два «амира» (главари крупных группировок), которых надо было взять живыми для получения ценной информации, а рядом с селением была база. Оперативники для маскировки переоделись так, чтобы не отличаться от чеченцев. Ночью бойцы добрались до нужных позиций, а через несколько минут появились противники, вооружённые автоматами с подствольными гранатомётами и ручными гранатами. В первой группе работал майор В. А. Ульянов: одного «амира» удалось схватить живым, однако его охрана начала отстреливаться. В ходе перестрелки Ульянов получил тяжёлое ранение, от которого скончался. Второго «амира» захватить живым не удалось: в результате завязавшейся перестрелки он был уничтожен. Посмертно Ульянову было присвоено звание Героя России.
8 апреля 2004 года бойцы Управлений «А» и «В» участвовали в спецоперации по поиску и ликвидации Абубакара Висимбаева по кличке «Одноглазый Бакар», который был ближайшим подручным Шамиля Басаева и прошёл обучение диверсионному делу в одном из лагерей Хаттаба. Висимбаев был вербовщиком женщин-смертниц («шахидок»), готовившихся к совершению теракта на Дубровке, а также был причастен к серии взрывов (теракты на религиозном празднике в селении Илисхан-Юрт и в селе Знаменское, взрывы автобуса с персоналом базы ВВС и на территории военного госпиталя). Предварительные поиски в Грозном не дали ничего, и обе группы отправились в станицу Шелковская Наурского района, где было одно из убежищ Висимбаева. Когда они вошли в дом, где скрывался «Одноглазый», то при обыске комнат обнаружили двух женщин, ребёнка и молодого мужчину. Сотрудник «Альфы» майор Ю. Н. Данилин, открывая одну из больших комнат, попал под обстрел находившегося в здании боевика, и был тяжело ранен. Ранение Данилина оказалось смертельным, однако Висимбаева удалось уничтожить, а его подручного захватить в плен. Данилину посмертно было присвоено звание Героя России.