Кирилл Владимирович Курносов, полковник.
Заместители командира (заместители начальника управления):
Роберт Петрович Ивон (29 июля 1974 — апрель 1977; ноябрь 1977–1984), полковник.
Михаил Михайлович Романов (10 августа 1977–1980), полковник.
Владимир Александрович Туманов (1982–1989), полковник.
Валерий Петрович Емышев (1982–1988), заместитель начальника по политико-воспитательной работе), полковник запаса.
Виктор Фёдорович Карпухин (1984–1988), генерал-майор, Герой Советского Союза.
Владимир Николаевич Зайцев (1990–1991), полковник.
Михаил Васильевич Головатов (1984–1991), полковник в отставке.
Александр Иванович Мирошниченко (с 1993), генерал-лейтенант; первый заместитель командира.
Александр Михайлович Лопанов, полковник.
Леонид Владимирович Гуменной (с конца 1990-х годов), генерал-майор.
Начальники штаба: Штаб Управления «А» был создан в 1990-е годы. Его возглавляли:
Герой Российской Федерации Анатолий Николаевич Савельев, полковник, Герой Российской Федерации (посмертно).
Сергей Андреевич Поляков (с 19 декабря 1997 года, после гибели А. Н. Савельева), полковник.
Структура и состав: Первоначально штаб группы «А» насчитывал 30 человек. С 10 ноября 1977 численность составляла 52 человека, к концу года выросла до 56 человек, в 1978 году насчитывала 71 человека. К 1980 году её численность превысила 100 человек: по состоянию на 10 января 1980 в группе служили 123 чел., в мае эта цифра превысила 200 человек, а с 21 декабря 1981 службу несли 223 чел., что было обусловлено ростом числа террористических актов в мире.
С 30 июня 1984 приказом председателя КГБ было сформировано первое региональное подразделение Группы «А» — 7-е отделение в Хабаровске (21 чел), развёрнутое 3 марта 1990 в 7-ю группу. Также были созданы 10-я группа (Киев), 11-я группа (Минск), 12-я группа (Алма-Ата), 13-я группа (Краснодар) и 14-я группы (Свердловск). Штат региональной группы составлял 45 чел., хотя до конца все эти группы не были укомплектованы. К 1991 году численность всей группы составляла 500 человек. После распада СССР 10-я, 11-я и 12-я группы достались Украине, Беларуси и Казахстану соответственно и послужили основой для формирования национальных подразделений спецназначения.
В 1998 году после создания Центра специального назначения ФСБ были реорганизованы управления «А» и «В»: были расформированы их штабы и управления, а также подразделения обеспечения; боевые группы были отправлены в Центр. В связи с сокращением расходов личный состав был сокращён почти на треть. Согласно данным 2003–2004 годов, структура Управления «А» включала штаб, пять отделов (один отдел постоянно находился в командировке в Чечне), а также региональные отделы и службы спецназначения. Один отдел насчитывал около 30 человек, на одного офицера боевого отдела приходилось несколько человек из штаба. Местонахождением основной базы ЦСН называлась Балашиха-2. В Москве (без учёта региональных подразделений в Краснодаре, Екатеринбурге и Хабаровске) служило около 250 человек.