Те же самые опасности – религиозный раскол и чужеземное вторжение – помогли суннитам совершить великое возрождение, которое начало набирать силу. В мире суннитов все еще были огромные резервы религиозной силы – в богословии схоластов, духовности мистиков, благочестивой преданности их последователей. В этот переломный период восстановления произошло новое обобщение всех мусульманских знаний, ставшее ответом и на интеллектуальный вызов идей исмаилитов, и на эмоциональную притягательность их веры.
Пока их противники-сунниты набирали политическую, военную и религиозную силу, исмаилитов-Фатимидов ослабляли религиозные разногласия и политический упадок. Первые серьезные внутренние конфликты в исмаилизме были вызваны самими успехами Фатимидов. Потребности и круг обязанностей династии и империи требовали внесения некоторых изменений в изначальное учение и, говоря словами современного исследователя исмаилизма, «более серьезной и консервативной позиции в отношении существовавшего тогда института ислама». С самого начала возникали споры между исмаилитами-радикалами и исмаилитами-консерваторами, между хранителями и открывателями эзотерических тайн. Время от времени халифам-Фатимидам приходилось противостоять расколу и даже вооруженному сопротивлению, когда группы их сторонников отказывали им в своих одобрении и поддержке. Уже во время правления первого халифа-Фатимида в Северной Африке существовали разногласия между da‘is, придерживавшимися различных взглядов, и отступниками в лагере Фатимидов. Четвертый халиф аль-Муизз столкнулся с аналогичными трудностями. Во время завоевания им Египта в момент его триумфа ему даже пришлось сражаться с карматианцами из Восточной Аравии, которые сначала поддержали Фатимидов, а потом повернули против них и напали на их армии в Сирии и Египте. Позднее карматианцы снова стали выражать лояльность Фатимидам и исчезли как самостоятельная организация. Другой раскол произошел в 1021 году после исчезновения при неясных обстоятельствах шестого халифа аль-Хакима. Группа правоверных считала, что аль-Хаким был богом и не умер, а просто удалился из мира людей. Отказавшись признавать его преемников на троне Фатимидов, они отделились от основной секты. Им удалось заручиться некоторой поддержкой исмаилитов в Сирии, где их группы существуют и в наши дни в современных государствах – Сирии, Ливане и Израиле. Одним из основателей этой секты был da‘i центральноазиатского происхождения Мухаммад ибн Исмаил ад-Дарази, и поэтому его последователи известны как друзы.