В отношении этих заблудших овец Иннокентий в конечном счете ограничивается почти отеческой нотацией и несильными угрозами. С отъявленными еретиками — катарами — он более резок. Он осуждает катаризм не только за несовместимость с евангельской истиной, но еще и во имя чистой философии, апеллируя к человеческому разуму, что характеризует эту эпоху и этого персонажа. «Философы учат, что может существовать только один Бог, творец всех зримых и незримых сущностей». А в пассажах, обличающих ересь, он особенно охотно прибегает к одному аргументу, который считает неопровержимым. Еретики утверждают (и это одна из главных причин их успеха), что католические таинства не имеют никакой ценности, потому что у клириков, которым доверено их совершать, не чисты ни руки, ни сердце. Но Папа рассуждает совсем наоборот, опираясь на сравнение, часто выходящее из-под его пера. Разве, когда врач плохо себя чувствует, прописываемые им лекарства не оказывают эффекта? То же относится и к таинству: оно сохраняет свою очистительную силу, даже если его проводит недостойный священник.
Вместе со всеми проницательными умами Иннокентий признаёт, что дурное поведение духовенства на разных ступенях иерархии — корень всего зла и лучший подарок еретикам. Поэтому он будет упорно всю жизнь работать над реформированием Церкви. Заявив, что недостатки священника не препятствуют действию таинства, он спешит добавить: «Весьма желательно, чтобы священник привел свой образ жизни в соответствие со своими поучениями, дабы не совращать наставляемого грешника собственным примером». Предостерегая против ереси население и власти Тревизо, он заканчивает свое письмо от 1207 г. такими знаменательными словами: «Я повелел вашему епископу строго карать злоупотребления клириков в его епархии, чтобы вас не смущали дурные пастыри и чтобы мы по-прежнему доверяли почтенным людям, исповедующим истинную веру. Не смущайтесь, видя, что иные священники мало сообразуются в жизни со своим учением. Если болезнь врача не препятствует действию лекарства, то и грехи священника также не могут исказить таинства».
До многих людей, подвергшихся агитации ересиархов, эти рассуждения не доходили. С каждым днем опасность становилась все более явной, так что с самого начала понтификата Иннокентию пришлось, в дополнение к мерам, которые уже принимали его предшественники, вводить суровые наказания и обязывать всех суверенов их применять. Положения этого специального кодекса, содержащиеся прежде всего в письмах от 25 марта 1199 г. и от 22 сентября 1207 г., можно изложить в нескольких строках. Еретики и их пособники подлежат изгнанию или заключению в тюрьму; их имущество должно быть конфисковано и продано, дома снесены, а они сами — лишены гражданских прав. Они не могут избирать и быть избранными на муниципальные должности. Если они выполняют официальные функции, их акты объявляются недействительными. Они не вправе выступать свидетелями на суде, завещать и наследовать имущество. На суверенов, а также на городские магистраты накладывается строгая обязанность преследовать и изгонять еретиков. Если власти не выполняют этого закона, пусть их принудит к этому отлучение.