Он стремился вселить в жену уверенность, что настанут лучшие времена, надо только «перетерпеть, перестрадать», «Разве можно было бы жить и работать в теперешней России, не веря в ее будущее?» – задавался вопросом Краузе. Но даже его порой одолевали сомнения. В сентябре он написал жене: «А Россия уже не на краю гибели, а в самой пропасти, израненная, обессиленная, окончательно измученная. Выберется ли она когда-нибудь из этой пропасти, залечит ли свои раны?» Александра Ивановна уже ни во что не верила, проклинала войну и твердила: «Мир, какой угодно ценою, только бы мир».
Война была проиграна. Краузе чувствовал себя опустошенным, «никому не нужным паразитом», терзался от собственной беспомощности, тоже проклинал «мировую бойню», которая душит и губит их, и с горькой иронией отзывался об этом «героическом» времени, каким оно может представиться потомкам. В сентябре в его письмах впервые появилось упоминание о грядущей гражданской войне: «Кажется, мы достигли апогея личного и общественного несчастия. Дальше ехать некуда. Что может нас ожидать еще худшее? Позорный мир?
Но для нас сейчас и позорный мир явится ни с чем не сравнимым благом, надо же в этом сознаться. Гражданская война? Она покончит с неопределенностью, и восторжествует какая-нибудь одна сторона. Это хоть шаг к выздоровлению».
Задумываясь о будущем, он писал: «Какие мы будем после войны? Что от нас, от прежних, останется? Разрушенная вконец нервная система… Озлобленность по отношению ко всем более счастливым, спокойным, равнодушным… Затаенное чувство обиды и горечи на всю жизнь… Неужели такие настроения будут доминировать? Страшно даже подумать. Хочется отогнать эти чувства. Но ведь они ползут, надвигаются… Вот где источник большевизма… Горе нам!»
При мысли о будущем Александра Ивановна испытывала страх и ужас. Она умоляла мужа приехать, иначе у нее «не хватит сил бороться за эту проклятую жизнь». В октябре 1917 года Фридрих Оскарович вернулся в голодающую и замерзающую Москву. Его предчувствие гражданской войны оправдалось. В следующем году его вновь мобилизовали, на этот раз в Красную армию, где он самоотверженно работал в госпиталях, боролся с «испанкой» – особо тяжелой формой гриппа, эпидемиями сыпного и возвратного тифа.
Вместе с Александрой Ивановной он налаживал работу первой в Уфе детской больницы. После демобилизации в 1921 году Краузе целиком посвятил себя любимому делу – педиатрии, занимался организацией Лосиноостровского санаторного отделения Дома охраны младенца, который в следующем году стал называться Государственным научным институтом охраны материнства и младенчества.