Представители современной православной церкви утверждают, что гонение на просвещение и науку в России, если и было, то носило случайный характер, а церковь никогда не отрицала необходимости и пользы просвещения и науки. Профессор Московской духовной академии А.Иванов во время встречи в 1956 г. с представителями церкви США в своем докладе «Христианская вера и современная наука» уверял, что и вера, и наука – каждая имеет свою особую область и не мешает одна другой. Профессор Ленинградской духовной академии Л.Парийский в докладе на ту же тему доказывал, что религия не может противоречить науке, так как, по его словам, «библия и природа – это две книги, написанные богом и предназначенные человеку» («Журнал московской патриархии», 1956, № 5, стр. 66).
В действительности было не так. Российская православная церковь признавала только такое просвещение, которое было основано на религии. Просвещение же, не освященное благодатным влиянием религии, говорили ее представители, скорее пагубно, чем полезно. Относясь враждебно к просвещению народа и развитию отечественной науки, отечественная синодальная церковь часто была инициатором травли наиболее талантливых ученых и прогрессивных учителей. Она тормозила развитие просвещения и науки, добивалась уничтожения книг передовых ученых.
Еще на церковных соборах XIV–XVII рассматривались и утверждались списки запрещенных книг. За их прочтение назначалось церковное проклятие. Книги, признанные вредными, предлагалось сжигать на теле лиц, у которых они были обнаружены. Стремясь сохранить в неприкосновенности господствующую религиозную идеологию, освящавшую крепостнический строй и эксплуатацию народа, духовные власти боролись с проникновением в Москву западноевропейских идей, «испорченных» развернувшимся в Европе «Возрождением», уничтожали привезенные оттуда книги, а распространителей этих идей и хранителей запрещенных книг подвергали жестокой казни. При Иване III за хранение и чтение иностранных книг в Москве сожгли в деревянной клетке князя Лукомского вместе с переводчиком Матиасом Ляхом, обвинив их в чародействе и злом умысле. Тогда же, как колдуна, знавшегося с нечистой силой, казнили врача-иностранца Антона Эренштейна. При царе Федоре Алексеевиче хотели сжечь голландского фельдшера Квиринуса по обвинению в волшебстве. Боярина Артамона Сергеевича Матвеева за его пристрастие к книгам в 1676 г. обвинили в чародействе и сослали в Пустозерский монастырь.
В XVIII в. Российская Академия наук не была свободна от бдительного контроля представителей церкви. Православные инквизиторы проверяли ее издания, выискивая в них места «сумнительные и противные христианским законам, правительству и добронравию». По их настоянию в 1743 г. был изъят изданный Академией наук астрономический календарь, в котором духовные цензоры умудрились найти сведения о планетах, «к соблазну народному склонные». Они возражали также против предпринятого Академией наук издания русских летописей – ценнейшего источника для изучения русской истории. По отзывам духовных цензоров, в летописях содержится «много лжи явственные».