Ненависть Синода и духовенства вызывал М.В.Ломоносов за его исследования, которые подрывали основы религии. Ломоносов отвергал церковное учение о неизменности природы и создании ее богом. «Напрасно думают, – писал он, – что все, как видим, сначала творцом создано. Таковые рассуждения весьма вредны приращению наук. Легко быть философом, выучив три слова: бог так сотворил, – и сие дая в ответ вместо всех причин» (М.В.Ломоносов. Избранные философские произведения. М, 1950, с.397). В 1740 г. по инициативе Ломоносова была издана книга французского ученого, академика Фонтенеля «Разговор о множестве миров», в которой в популярной форме излагались научные данные астрономии, шедшие вразрез с религиозными мифами о создании мира. Синод признал книгу Фонтенеля «противной вере и нравственности»; книгу изъяли и уничтожили. Раздраженный выступлениями М.В.Ломоносова против религии и церкви, Синод хотел помешать его научной деятельности. Он требовал, чтобы произведения Ломоносова были сожжены, а сам Ломоносов был отослан в Синод «для увещания и исправления» (П.П.Пекарский. История Академии наук, т. II. СПб., 1873, с. 603–604).
В 1756 г. Московский университет хотел издать философскую поэму выдающегося английского писателя Александра Поупа (1688–1744) «Опыт о человеке». В этой книге автор выступал против средневековых научных взглядов о строении вселенной, пропагандировал «зловредные идеи Коперника о множестве миров, противные Священному писанию», и книга была запрещена. До 1815 года с «благословения» РПЦ издавалось школьное пособие «Разрушение коперниковской системы», в котором гелиоцентрическую систему называли «ложной системой философической» и «возмутительным мнением». Для справки: Русская православная церковь выступала с критикой гелиоцентрической системы мира вплоть до начала XX века! Последним произведением, в котором критиковалась гелиоцентрическая система, стала вышедшая в 1914 году книга священника Иова Немцева: «Круг земли неподвижен, а солнце ходит». Автор «опровергал» систему Коперника цитатами из Библии и творений отцов Церкви.
Преследованиям духовных властей подвергся прогрессивный ученый, профессор математики Московского университета Д.С.Аничков (1733–1788), издавший в 1759 г. диссертацию «Рассуждение из натурального богословия о начале и происхождении богопочитания у разных, особенно невежественных народов». Отзыв о диссертации Аничкова дал московский митрополит Амвросий. Книга была признана им «вредной и соблазнительной». По его настоянию книгу Аничкова публично сожгли в Москве на Лобном месте.