Естественно, им и дела не было до того, что органы госбезопасности сами оказались под тяжёлым гнётом репрессий. Например, в 1937 году за отказ участвовать в репрессиях был расстрелян практически весь личный состав Омского управления НКВД. За 1937–1938 годы из 450 сотрудников иностранного отдела (ИНО) Главного управления госбезопасности НКВД было репрессировано 275 человек. По информации Крючкова, всего в 1934–1939 годах за «контрреволюционные преступления» было расстреляно 21 тысяча 800 чекистов. Многие — за попытки помочь арестованным, облегчить их участь и судьбу членов их семей.
Реакция сотрудников органов госбезопасности на творившиеся под видом законности беззакония, принципиальная позиция многих местных партийных организаций, возмутившихся жестоким произволом, стали одними из основных причин, заставивших сталинское руководство в 1939 году фактически свернуть массовые «чистки».
Либерал-демократы словно не замечали, что сотрудники КГБ вели в конце 1980-х — начале 1990-х годов огромную, трудоёмкую и кропотливую работу по реабилитации жертв репрессий.
Из доклада начальника Управления КГБ по Москве и Московской области В. М. Прилукова на заседании Коллегии КГБ СССР в начале 1990 года:
«Следует поставить ряд серьёзных вопросов по восстановлению исторической правды и справедливости в отношении всех жертв необоснованных репрессий.
За последнее время поток обращений общественности и отдельных граждан по вопросам, связанным с реабилитацией, непрерывно растёт. Достаточно сказать, что в прошлом году он вырос более чем в пять раз. И получается, что сегодняшнее поколение чекистов, выполняя практически 90 процентов реабилитационной работы, оказалось в фокусе внимания общественности и вынуждено брать на себя тонкую работу по объяснению причин допущенных в прошлом ошибок и нерешённых проблем.
Мы в начальном периоде определили массив в 31 тысячу дел основного фонда, подлежащему общему пересмотру. И практически работу в этой части завершаем.
Однако обстановка заставляет нас пересматривать и весь массив прекращённого фонда. А это ещё 62 тысячи архивных дел…
И ещё один весьма серьёзный нравственный вопрос, связанный с участием чекистов в поиске мест захоронения. Здесь и мы в большом долгу перед москвичами. Конечно, эта проблема требует особой взвешенности, осторожности, несомненно должна иметь под собой абсолютно документальную и свидетельскую основу. Но и затягивать с её решением нельзя…»
Осуществляя руководство работой КГБ по реабилитации жертв репрессий, Крючков не раз возвращался к осмыслению причин и обстоятельств, обусловивших волну беззаконий. Как могло случиться, что жестокие методы борьбы с политическими противниками и просто неугодными, в которой пострадало огромное число невинных людей, были восприняты значительной частью общественности страны и населения как приемлемые и даже необходимые? Одна из главных причин, как полагал Владимир Александрович, заключалась в том, что огромное воздействие на сознание людей и характер отношений между ними оказала Гражданская война — «самая что ни на есть жестокая братоубийственная война без правил». А революционные методы в экономике и политике, господствовавшие в период военного коммунизма, вновь возобладали после свёртывания новой экономической политики и «вытеснили эволюционный подход к решению основополагающих проблем».