Договор предусматривал, что территория зоны канала принадлежит Панаме и что она находится лишь под юрисдикцией США. Нет сомнения, что изменения, принятые в 1936 году, означали определенные уступки США Панаме. Однако США по-прежнему сохраняли территорию зоны канала, ограничивая суверенитет Панамы. Договор 1936 года узаконил юридические основы договора 1903 года. В то же время в договор была включена новая статья, которая, правда, в завуалированной форме, давала Соединенным Штатам широкие возможности в любой момент ввести свои войска на территорию Панамы для «предупредительных и защитных мероприятий». Факты очень скоро доказали, что Соединенные Штаты отнюдь не отказались от вмешательства во внутренние дела Панамы. Когда в 1941 году президентом Панамы стал нежелательный в то время американским империалистам Арнульфо Ариас, они организовали переворот и вместо него поставили у власти угодного им кандидата Ла Гуардия.
Вторую мировую войну Соединенные Штаты использовали для захвата новых позиций в Панаме. Шлюзы Панамского канала не были рассчитаны на пропуск гигантских авианосцев, и поэтому в 1941 году были начаты работы по постройке новой серии шлюзов, способных пропускать суда большого водоизмещения.
В январе 1942 года Соединенные Штаты установили контроль над всем побережьем Панамы и фактически оккупировали ее. Панама предоставила Соединенным Штатам вне зоны канала 134 участка под военные базы с условием, что США вернут их Панаме не позже чем через год после окончания войны.
Американские монополии воспользовались войной для внесения желательных им изменений в конституцию Панамы. В 1944 году президент Панамы приостановил действие старой конституции. А в 1946 году была принята новая конституция Панамской республики, предоставившая американским промышленникам и торговцам особые привилегии в стране.
Американские государственные деятели настолько увлеклись, что в 1946 году в своем докладе ООН правительство США включило зону Панамского канала в качестве своей подмандатной территории. Глава панамской делегации, известный международник, бывший президент Республики доктор Рикардо Альфаро выступил с резким протестом, заявив, что территория зоны канала является панамской территорией и что Панамская республика всегда сохраняла свой суверенитет над ней.
По окончании второй мировой войны панамский народ потребовал, чтобы США освободили военные базы, оккупированные ими на время войны. В 1946 и 1947 годах в Панаме происходили массовые демонстрации. Под давлением народа в декабре 1947 года национальная ассамблея (парламент) вынуждена была отклонить договор с США о продлении аренды баз. В стране начался политический кризис. Чтобы разрядить обстановку, в мае 1948 года были проведены президентские выборы. Возмущение народных масс оказалось столь велико, что открытый ставленник США Аросемена не прошел. Победу одержал оппозиционер Арнульфо Ариас. Такой оборот событий не устраивал американские монополии, и они рекомендовали «пересмотреть» результаты выборов. Ассамблея отменила итоги выборов, а верховный суд «уточнил», что большинство получил не Ариас, а Аросемена. 1 октября 1948 г. Аросемена стал «конституционным» президентом. Он начал с того, что возобновил переговоры с США об аренде военных баз и усилил преследование демократических организаций.