Из всех собравшихся, с волнением слушавших эту речь, нашлось лишь двое, отказавшихся принять участие в заговоре. Граф не настаивал на их участии, но до развязки драмы велел их изолировать и тщательно охранять.
Затем он отправился в покои своей жены Элеоноры Чибо (так звали графиню Фиески), которая совершенно ничего не знала о готовящемся выступлении. Элеонора была очень молода, прекрасна, нежно любила своего мужа. Только теперь поведал он ей тайну заговора, в нескольких словах пояснив, что должно будет произойти. Элеонора, залившись слезами, пала перед ним на колени и заклинала супруга всем самым дорогим и святым для него отказаться от столь опасного дела. Панса, старый учитель Джованни Лодовико, присоединил свои мольбы к мольбам графини, но Фиески, освободившись из их рук, сказал: «Сударыня, больше нет времени, и я либо умру, либо положу Геную к вашим ногам». Элеонора пала без чувств, а граф вернулся в зал для последних распоряжений. Наконец, выйдя из своего дворца в сопровождении верных ему людей, он отправил каждого на заранее намеченный пост.
Когда был дан сигнал (а им служил орудийный залп), заговорщики приступили к исполнению полученных приказаний. Джаннеттино, разбуженный грохотом пушек и криками толпы, в спешке вскочил с ложа и в сопровождении всего лишь одного пажа, несшего в руке факел, бежал к одним из городских ворот. Заговорщики, узнавшие его, тотчас поразили беглеца доброй сотней смертельных ударов. Слуги Андреа Дориа, боясь за участь своего господина, помогли ему поскорее сесть на коня. Ему посчастливилось выбраться из города и укрыться в замке Мазона в пятнадцати милях от Генуи. Граф Фиески, расставив стражу в самых важных местах города, стремительно направился в порт. Но в тот момент, когда он поднимался на галеру, сходни под ним подломились, и он упал в воду. В этом месте, по правде сказать, было неглубоко, но так как здесь давно уже скопилась грязь и тина, несчастный Фиески, которого потянула ко дну тяжесть надетых на него доспехов и оружия, не смог быстро избавиться от них и утонул.
Мрак ночи, грохот и шум, раздававшиеся со всех сторон, не позволили восставшим сразу хватиться пропавшего предводителя. Так, ничего и не зная о его судьбе, они успешно овладели портом и галерами.
Заговорщики, численностью до двухсот человек, рассеялись по улицам, призывая народ к восстанию и крича: «Фиески и свобода! Фиески и свобода!» Горожане были в ужасном смятении. Аристократы хотели было спешить во дворец республики, но побоялись, как бы в их отсутствие их собственные дома и дворцы не были разграблены нежданно нагрянувшей чернью. Посол его императорского величества Карла V хотел бежать, но был вынужден по совету близких ему генуэзских грандов, направиться во дворец, где уже собрались некоторые отважные сенаторы. Самые храбрые из них даже сделали вылазку из дворца во главе отряда солдат, но, встретив заговорщиков, тотчас отступили. Тогда сенаторы решили прибегнуть к хитрости и послали нескольких депутатов из своего числа выяснить, что же стало причиной стольких беспорядков. Между тем, услышав о смерти графа Фиески, они воспрянули духом и отдали приказы гвардии и народу стать на их защиту. Пыл заговорщиков начал угасать, и многие даже покинули их ряды при первом же известии о трагической кончине главы. Восставшим обещали полное прощение, если они сложат оружие. Не приняв этого условия, Джироламо Фиески, брат Джованни Лодовико, удалился в Монтобио. Некоторые из главных заговорщиков перебрались во Францию, где их встретили бы гораздо лучше, сумей они с большей решимостью и успехом свершить свое дело.