В Москве патриарха постарались надежно изолировать от внешнего мира. Приставы и стража никого не пускали к Иеремии, да и самому ему запретили покидать двор. Даже на базар патриаршие люди ходили со стражниками. Греков держали как пленников, но при этом обращались с ними самым почтительным образом и предоставили им всевозможные блага.
Задуманная Годуновым реорганизация высшей церковной иерархии была мерой прежде всего политической. Правитель Борис Годунов рассчитывал на то, что патриарший сан укрепит авторитет его ставленника Иова, а раздача новых митрополичьих и архиепископских должностей поможет ему достичь согласия с высшими иерархами. Он был готов заплатить любую цену, чтобы добиться успехов в переговорах с греками. Учреждение патриаршества стало для него вопросом личного престижа.
После очередных безрезультатных переговоров Иеремия однажды заявил, что патриарха в Москве он ни за что не поставит, а в крайнем случае сам готов остаться в Москве патриархом. Об этом сразу же донесли Борису. Принимая решение перенести свою кафедру в Москву, патриарх руководствовался не только соображениями личного благополучия, но и более существенными политическими целями. Византийская церковь не оставляла надежд на избавление от турецкого ига. Иеремия рассчитывал на помощь Москвы в деле освобождения Греции от турок.
Как только московским властям стало известно о намерениях патриарха, они пустили в ход дипломатическую уловку. Московские приставы, охранявшие патриарха, начали просить его стать патриархом в Москве. Вроде бы по секрету передавали, что царь и бояре мечтают видеть Иеремию в Москве. Лесть вскружила голову патриарху, он попал в расставленную ему ловушку, и, не дожидаясь официального приглашения, объявил о своем согласии учредить в Москве патриархию и самому стать во главе ее. С этого момента переговоры получили официальный характер и стали фиксироваться в документах Посольского приказа. Царь Федор прислал официальную грамоту, из которой следовало, что Федор давно замыслил иметь в своем государстве патриарха, кого бог благоволит: «Будет похочет бытии в нашем государстве цареградский патриарх Иеремия, и ему бытии патриархом в начальном месте во Владимире, а на Москве бытии митрополиту по-прежнему; а не похочет… бытии в Володи-мире, ино б на Москве учинити патриарха из московского собору».
Смысл этого послания предельно ясен. Россия не желала вновь видеть грека во главе русской церкви. Просьбу патриарха соглашались выполнить лишь на условиях, заведомо для того неприемлемых. Греку дозволялось основать свою резиденцию в захолустном Владимире с тем, чтобы фактической главой русской церкви в Москве оставался митрополит Иов.