Свое положение правителя государства Борис Годунов закрепил и юридически. Ему был присвоен исключительный по пышности титул «правителя, слуги и конюшего боярина и дворового воеводы и содержателя великих государств, царства Казанского и Астраханского», то есть наместника казанского и астраханского. Наконец, Годунов получил право непосредственных сношений с иностранными государствами от своего собственного имени. Ему были пожалованы вотчины, а также передана в кормление Важская земля, приносившая большие доходы, и право взимания разных сборов. Кроме того, ему было дано огромное денежное жалованье.
В это время был достигнут крупный успех, когда в 1588 г. константинопольская патриархия согласилась на учреждение в России патриаршества. Правитель Борис Годунов выступил главным инициатором превращения русской православной церкви в патриархию.
Русь приняла крещение от Византии. Первоначально Русская православная церковь существовала как митрополия, главу которой, митрополита, назначал константинопольский патриарх — глава вселенской православной церкви. Но после того, как в 1437 г. Византия была вынуждена подписать Флорентийскую унию с католической церковью, русская церковь стала искать независимости и в 1448 г. она официально становится автокефальной. Однако формальная зависимость сохранялась.
Византийская империя прекратила свое существование в 1453 г., тем более понятно стремление Московского государства иметь своего патриарха рядом с единственным тогда православным государем — царем всея Руси. Это бы укрепило международный престиж Московского государства, поэтому учреждение патриаршества было не только задумано, но и лично исполнено Борисом Годуновым.
Могущество и блеск Российского царства манили греков. В XVI в. обедневшие восточные патриархи вынуждены были все чаще обращаться в Москву за помощью. Число просителей из года в год умножалось. Вскоре в Москву прибыл антиохийский патриарх Иоаким. Его приняли с большим почетом. Но, когда он стал просить денег, московские власти предложили прежде обсудить вопрос об учреждении в России патриаршей кафедры. Иоаким весьма неохотно обещал передать это пожелание Вселенскому собору.
В 1588 г. впервые в Москву прибыл константинопольский патриарх Иеремия. Начались длинные переговоры, тянувшиеся более полугода. Грек приехал в Москву за щедрыми субсидиями, а о Московском патриаршестве сначала и слышать не хотел. Было решено задержать Иеремию в Москве и заставить его уступить.