Борис Годунов отправился на последние переговоры к патриарху. Но Иеремия выяснил, что к тому времени Владимир стал второстепенным городом и категорически отказался удовлетворить просьбу Бориса. Тогда в процесс переговоров вступили родные братья, дьяки Андрей и Василий Щелкаловы, обязанные своим высоким положением при дворе правителю Борису. Они попытались купить согласие патриарха щедрыми посулами. Иеремии обещали щедрые подарки, богатое содержание, города и области в управление. В то же время патриарху дали понять, что его не отпустят из Москвы, пока он не уступит. Под конец с греками заговорили языком диктата — пригрозили утопить в Москве-реке. Аргументы были более чем убедительными, и Иеремия уступил. Первым патриархом стал ставленник Годунова митрополит Иов, возведенный константинопольским патриархом 23 января 1589 г. на московский патриарший престол.
Пробыв в Москве без малого год, Иеремия 19 мая получил наконец разрешение выехать на родину. Царь Федор не жалел казны, чтобы одарить освобожденных пленников. Из царской казны, помимо всего прочего, была выделена тысяча рублей на построение новой патриаршей резиденции и нового собора в Константинополе. Царь Федор на прощание поднес Иеремии митру, украшенную драгоценными камнями. На ней жемчугом была сделана надпись: «От царя — патриарху». По случаю учреждения патриаршества в Москве устроили грандиозный праздник. Во время крестного хода новопоставленный патриарх выехал верхом из Фроловских ворот и объехал Кремль. «Ослять» под ним вел Борис Годунов. Процессию провожала праздничная толпа.
Основание патриаршества стало важной вехой в истории русской церкви. Будучи при своем учреждении одной из многочисленных епархий византийской церкви, русская церковь давно стала фактически независимой от константинопольского патриарха. Преобразование московской митрополии в патриаршество закрепило эту независимость в нормах канонического права. Усилилось влияние русской церкви на международной арене. Вопреки церковным легендам инициатива учреждения патриаршества на Руси всецело принадлежала светской власти.
Внешняя политика во время царствования Федора развивалась неоднозначно. После Ливонской войны по Плюсскому перемирию Россия уступала Швеции города Ям, Ивангород и Копорье, а также город Корелу на Ладоге. Была потеряна важная для страны торговля с Нарвой. Сохранился лишь узкий участок побережья Балтийского моря в устье Невы. Напряженные отношения с Польшей в первые годы царствования Федора не давали Русскому государству возможности проведения активной политики в отношении Швеции. Однако к началу 1590 г. польский вопрос был урегулирован, и Россия немедленно начала военные действия против Швеции. Русско-шведская война продолжалась до 1593 г. и закончилась заключением «вечного мира» со Швецией в Тявзине в 1595 г. По Тявзинскому договору Швеция возвращала Московскому государству захваченные ею русские города: Ивангород, Ям, Копорье, Корелу, сохраняя за собой Нарву. Таким образом, России удалось ликвидировать наиболее тяжкое последствие Ливонской войны — вернуть выход к Балтийскому морю. Это был самый крупный внешнеполитический успех правительства Бориса Годунова.