Деятели «первой республики» в целом (и представители партий, вошедших в правительство, и оппозиция) ставили личные амбиции, узкокорыстные интересы имущей верхушки различных этнических групп выше общенациональных. Вместо решения унаследованных от колониализма сложнейших проблем они развернули между собой борьбу за господство в стране. Нигерию сотрясали хронические кризисы, которые правительство не только было не в состоянии преодолеть, но фактически способствовало их углублению. В ходе выборов 1964 года и особенно в 1965 году межпартийные конфликты вылились в открытые столкновения, унесшие сотни жизней. Выборы в парламент Западной области осенью 1965 года проходили в обстановке жестоких стычек между приверженцами правительственной коалиции и оппозиции. К концу года стало ясно, что федеральное правительство не может контролировать обстановку. При таких обстоятельствах в развитие событий вмешалась армия.
Первоначальная инициатива исходила от представителей ее среднего и низшего звена. Многие федеральные и региональные политические бонзы были расстреляны. Хотя основная часть вооруженных сил сохранила лояльность правительству, а выступившие солдаты вернулись в казармы, правительство на своем заседании решило передать власть армии. В январе 1966 года было сформировано первое военное правительство А. Иронси, занимавшего до этого пост главнокомандующего вооруженными силами страны. Главной своей задачей оно объявило разработку и осуществление нового курса, направленного на сплочение страны. Вскоре после этого А. Иронси во всеуслышание заявил о своей приверженности борьбе с коррупцией, о планах жилищного строительства, улучшения системы народного образования и здравоохранения. Правительство намеревалось также подготовить новую конституцию и вернуть страну к режиму гражданской власти. Эти обещания встретили поддержку и одобрение общественности. Однако вскоре выяснилось, что это лишь слова. На деле же Иронси стремился превратить Нигерию в унитарное государство. В одном из своих официальных выступлений он заявил, что приверженность регионализму была причиной краха прежнего режима, и призвал к реформе политической системы.
Разумеется, глава первого военного правительства правильно указал на регионализм как на одну из главных причин кризиса 1965–1966 годов. В то же время выдвинутая им идея решения проблемы национальной интеграции путем унитаризма полностью игнорировала реальную обстановку в стране. Этническое, религиозное, лингвистическое и иное многообразие нигерийских народностей, их приверженность собственным традициям и обычаям не могли быть в должной степени учтены без федерального устройства. Тем не менее в мае 1966 года были приняты декреты о ликвидации федеральной системы. Области делились на подчиненные центру провинции и теряли всякую автономию.