Эти декреты были враждебно встречены большинством населения. Они спровоцировали на Севере выступления против сотен тысяч игбо (Иронси и его ближайшие помощники принадлежали к этой народности). Северяне усмотрели в этих декретах попытку игбо установить свое господство в стране. В ответ на это в Восточной области начали преследовать живших там северян. Раскол начался и в армии. Надеясь «успокоить» страну и армию, Иронси отправился в поездку по стране. Однако завершить свою миссию ему не удалось. 29 июля 1966 года во время пребывания в Ибадане он был захвачен восставшими солдатами и расстрелян.
Второе военное правительство возглавил подполковник (впоследствии генерал) Я. Говон. Он сразу же восстановил федеральную систему и заявил о намерении его администрации вновь привести Нигерию к гражданскому правлению. С этой целью намечалось созвать Всенигерийскую конституционную конференцию.
Однако к этому времени сепаратистские и шовинистически настроенные лидеры Восточной области во главе с ее губернатором О. Оджукву взяли курс на раскол страны. Используя такие факты, как убийство Иронси, а также эксцессы против игбо на Севере, демагогически заявляя, что средства, получаемые от реализации добываемой в основном на Востоке нефти, идут на нужды развития других районов, группа Оджукву получила поддержку значительного большинства населения Восточной области, и в первую очередь игбо.
В мае 1967 г. Восточная область была провозглашена независимой республикой Биафра. Это привело в июле 1967 года к междоусобной войне. Большинство западных держав заняло тогда двусмысленную позицию, некоторые прямо поощряли Оджукву, в том числе и расисты Претории. На стороне национально-патриотических сил, боровшихся за сохранение единства и представлявших абсолютное большинство населения страны, выступили почти все африканские государства, социалистические страны. Срветский Союз солидаризировался с центральным правительством, предоставил ему материальную помощь, о чем до сих пор 'с признательностью вспоминают в Нигерии. Длившееся 30 месяцев драматическое противоборство завершилось поражением Оджукву. Армия оказалась единственной силой, способной отстоять — и отстоявшей — территориальную целостность страны.
Победа в войне упрочила позиции федерального правительства. Однако впоследствии его глава Я- Го-вон перенес сроки осуществления провозглашенной им же программы передачи власти гражданским лицам и поэтому был смещен группой военных во главе с М. Мухаммедом. Третье военное правительство продолжило положительные начинания Говона по решению проблем трибализма и сепаратизма. Оно проявило готовность решить такую острую, сложную проблему, как вопрос о создании новых штатов. Еще в мае 1967 года страна была разделена на 12 штатов. В феврале 1976 года из их числа было выделено еще семь штатов.