Однако провозглашение программы, предусматривающей двухпартийную структуру, пришлось как раз на тот момент, когда в стране резко возросла напряженность между мусульманами и христианами после кровопролитных столкновений по религиозным мотивам, получивших широкое распространение в 80-х годах в северной части Нигерии. Некоторые нигерийцы опасаются в связи с этим, что политический водораздел пройдет между христианами и мусульманами, или Севером и Югом. И эти опасения не напрасны.
Противоречия между мусульманским Севером и христианским Югом, постоянно дававшие о себе знать на внутриполитической арене страны, с особой силой вспыхнули в первый год после прихода к власти правительства Бабангиды. В стремлении получить новые источники финансирования и с их помощью преодолеть или хотя бы смягчить тяжелое экономическое положение государства правительство объявило о предстоящем вступлении Нигерии в Организацию Исламская конференция в качестве полноправного члена. Прежде она имела в ОИК статус наблюдателя. Правительство рассчитывало, что этот шаг откроет Нигерии путь к беспроцентным займам богатого Исламского банка развития, получению кредитов у нефтедобывающих арабских стран.
Известие о планах по вступлению в ОИК с новой силой разожгло рознь между мусульманами (около половины всего населения страны) и христианами (20–25 %). Христиане обвинили правительство в нарушении конституции, провозглашающей Нигерию светским государством и предусматривающей отсутствие официальной религии. Обстановка накалялась. Это заставило правительство создать специальную президентскую комиссию по разрешению взрывоопасной проблемы. И тем не менее в северном штате Кадуна вспыхнули религиозные волнения, вылившиеся в кровавые столкновения между христианскими и мусульманскими общинами, погромы государственных учреждений. Только введение армейских частей, объявление чрезвычайного положения в штате и угроза расстрелов на месте прекратили столкновения.
В интересах сохранения стабильности правительство вынуждено было «заморозить» вопрос о вступлении в ОИК и даже отказаться от участия в совещаниях, проводящихся этой организацией, несмотря на протесты мусульман, негодовавших по поводу «уступок» христианам. В то же время на Севере, где растет озабоченность ростом религиозной нетерпимости, группа видных деятелей сформировала «комитет старейшин», провозгласивший своей задачей содействовать гармонизации отношений между христианами и мусульманами. Многие члены этого комитета (случайно или нет) в прошлом были функционерами НПН. В «комитет старейшин» в основном входят представители хауса и фулани, которые всегда занимали важные позиции в федеральном правительстве. Начали нигерийцы готовиться к выборам и в других регионах страны.