Византийцы разрушили стены крепости почти до основания, разграбили Трахею, уничтожили большинство ее жителей, а оставшихся в живых взяли в плен.
История умалчивает о том, что было с Трахеей в следующем столетии, однако, очевидно, поселение продолжало существовать. Так, в VI–VII веках здесь была построена небольшая крепостная церковь типа базилики с двускатной крышей. Она находится на территории нынешнего санатория «Жоэквара», внутри древней крепостной ограды.
Эта церковь относится к числу древнейших культовых сооружений на территории Абхазии. Она чрезвычайно проста по форме, отсутствует даже алтарная абсида. Два боковых портика, построенных одновременно с церковью, несимметричны. Северный отодвинут в глубину и имеет вход спереди, южный выдвинут вперед до линии основного фасада, вход расположен сбоку, с юга. Церковь сложена из крупных отесанных блоков неодинаковых размеров. Камни установлены неправильно и плохо подогнаны друг к другу. Щели между ними местами заполнены плоской галькой. Кладка скреплена известковым раствором со значительной примесью мелкого и крупного морского песка.
К концу X века, по данным русских летописей, относится установление связей между Киевской Русью и Абхазией. Позднее Гагра становится одним из звеньев, связывающих Абхазию, Грузию и Тьмутараканское княжество Киевской Руси. В начале XIV века здесь находилась генуэзская торговая фактория.
Гагрская крепость (рисунок Н. Г. Чернецова)
Известный турецкий путешественник Эвлия Челеби, побывавший на Кавказе в 1641 году, называет Гагру гаванью «Какур» и к числу ее достопримечательностей относит многочисленные сады, раскинувшиеся вдоль берега моря. В Какуре, отмечает Челеби, проживает одно из абхазских племен— горные чанды, насчитывающие вместе с соседями около 15 тысяч человек[46].
В литературе встречаются и другие названия Гагры, например, турецкое Баладаг — «высокая гора», персидское Дербент — «железные двери», венецианское Контези — «гавань» и т. д.
Многие века Гагрское ущелье играло роль своеобразных ворот из Северного Кавказа в Закавказье. В зависимости от того, кто владел этими воротами, определялась и судьба племен, населявших Северо-Западный Кавказ. Недаром путешественник Дюбуа де Монперэ сравнивал Гагрское ущелье с Фермопильским проходом.
Как известно, в Сухуми русские войска вступили в 1810 году, однако Гагра оставалась еще почти 20 лет вне сферы русского влияния. Абхазский владетельный князь Михаил Чачба, чтобы прекратить вторжение воинственных убыхских и джигитских племен, несколько раз обращался к русскому правительству с просьбой закрыть Гагрский проход и ввести в Гагру гарнизон, но сделать это удалось лишь в 1830 году.