В статье «Болезнь и смерть А. А. Богданова» подробно описаны методы лечения, которые применялись по отношению к нему. Главным образом они были направлены на борьбу с интоксикацией организма. Три раза применялось кровопускание, так как Богданов жаловался на тяжесть в голове и сильное возбуждение. Под кожу ему вводили глюкозу. Ему прописали специальную диету, которая применяется при тяжелых заболеваниях почек. Применялись слабительные средства и клизмы, а также теплые ванны. Однако эти методы успеха не принесли. 2 апреля его общее состояние начало резко ухудшаться. Временами Богданов впадал в беспамятство. Интоксикация организма все сильнее и сильнее давала о себе знать. 6 апреля, зафиксировал в истории болезни Кончаловский, «с больным произошел типичный экламптический припадок с прикусом языка и пеной, недержанием мочи и бредом». Пульс стал прерывистым, а иногда вообще «выпадал».
Вечером этого дня медицинский консилиум, в котором принимали участие такие «светила» медицины, как профессора Богомолец, Плетнев, Бурмин, Крамер, признал положение безнадежным и констатировал начало агонии. 7 апреля были обнаружены признаки еще большего ослабления деятельности сердца, «учащенное дыхание с паузами».
Врачи и родственники Богданова решили использовать последний шанс и применить средство, в которое так верил он сам. Ему сделали переливание крови. После него на некоторое время дыхание стало лучше. Однако вскоре состояние Богданова снова резко ухудшилось, и в тот же день, 7 апреля 1928 года, наступила смерть. С ней он боролся 15 дней.
Последние слова, которые произнес Богданов перед смертью, вроде бы сумели расслышать только его жена Наталья и сын Александр, которые находились рядом: «Делайте что должно… Нужно держать до конца…»
«Трагедия крупного ума»
Похороны Богданова состоялись 10 апреля. На сохранившихся фотографиях видны сотни людей, пришедшие проводить его. Это могло бы показаться странным — ко времени своей смерти Богданов был далеко не самым известным человеком в стране, более того, за ним сохранялась репутация «полу-оппозиционера», человека не слишком благонадежного. Тем не менее оказалось, что его помнили и знали. Сын Богданова Александр Малиновский вспоминал, что многие подходили к его матери Наталье Богдановне Корсак, выражали ей свои соболезнования и плакали. Были, конечно, на похоронах и бывшие пациенты Института переливания крови.
Смерть Богданова не осталась незамеченной партийными и советскими газетами. «Труд» писал 11 апреля 1928 года: «Вчера хоронили А. А. Богданова. В 11 часов утра в здании Института переливания крови, в котором стоял гроб с телом покойного, состоялась гражданская панихида.