Осуждение Галилея не могло, понятно, не произвести сильного впечатления на тогдашних ученых и философов, и многим из них приходилось скрывать свои противобиблейские воззрения. Так, в письме от 28 ноября 1633 г. знаменитый философ Рене Декарт (1596―1650) писал к своему другу Мерсенну: «Но я справлялся на днях в Лейдене и Амстердаме, нет ли там сочинения о системе мира, так как мне казалось, что я слышал, будто оно появилось в Италии в прошлом году; вдруг я узнаю, что оно действительно отпечатано, но все экземпляры немедленно сожжены в Риме, а сам Галилей приговорен к покаянию. Это меня настолько потрясло, что я твердо решился сжечь все мои бумаги или по крайней мере не показывать ни одному человеку… Я сознаюсь, что если учение о движении Земли ложно, то все основания моей философии также ложны, так как они поддерживают взаимно друг друга; это учение находится в такой тесной связи со всеми частями моей философии, что я не могу выкинуть его, не испортив совершенно всего остального. Но я ни за что не хочу издавать сочинение, в котором самое малейшее слово могло бы не понравиться церкви, поэтому я лучше скрою его, чем решусь выпустить в искаженном виде».[40] А в другом письме к тому же Мерсенну (от 10 января 1634 г.) Декарт следующим образом разъясняет свою неохоту ссориться с церковью: «Мое желание направлено к покою, я устроил свою жизнь сообразно девизу: „Хорошо жил, кто хорошо спрятался“ и намерен продолжать ее так же». Нечего и говорить о том, что слова эти отнюдь не свидетельствуют о гражданском мужестве этого философа.
Высмеивая осуждение учения о движении Земли, Паскаль правильно заметил: «Все это напрасно, ибо если мир действительно вертится, то все человечество вместе не в состоянии будет помешать ему в движении или удержаться само, чтобы не вертеться вместе с ним». Ту же мысль Галилей после своего первого процесса, затронув в одном из писем вопрос о гелиоцентризме, выразил следующими словами: «Касательно этих и других положений никто, конечно, не сомневается, что его святейшество папа имеет полную власть допускать или осуждать их; но ни одно существо на свете не может сделать их истинными или ложными, или иными, чем какова их природа».
Конечно, и после второго процесса сторонники запрещенной системы мира в своих лекциях придумывали различные, нередко весьма оригинальные, приемы для ознакомления студентов с этой системой. Например, Кавальери сообщил Галилею в своем письме от 13 марта 1631 г.: «Я читаю теорию планет согласно воззрениям четырех важнейших авторов, именно Птолемея, Коперника, Тихо и Кеплера, предоставляя слушателям выбрать затем того, кто им больше всего нравится». Что же касается слушателей, то те из них, которые заинтересованы были в развитии науки, усвоили отстаиваемое Галилеем в «Диалоге» положение, что ученому нужны доказательства, а не цитаты и ссылки на авторитеты, ибо научные «изыскания имеют предметом мир чувств, а не мир бумаги».