Отдельной и тоже серьезной задачей было перепрограммирование компьютера подсистемы летных данных FDS, который управляет обработкой информации на борту и формированием служебной и научной телеметрии.
После отключения камеры ISS, фотополяриметра PPS и ИК-радиометра IRIS из программы можно было исключить относящиеся к ним блоки и за счет освободившегося места в памяти усовершенствовать передачу остальной информации по радиоканалу с низкой скоростью. Новый вариант программы формирования научной телеметрии получил обозначение VIM-5.
Были предусмотрены две основные скорости передачи данных – 600 и 160 бит/с, под которые создали два формата данных – UV-5A и CR-5T. Названия и скорости подсказывают нам, что первый предназначался для ультрафиолетовых наблюдений, а второй – для передачи информации о магнитном поле, частицах и плазме. На самом деле оба формата содержали ограниченную телеметрию о состоянии служебных систем и базовую информацию о полях и частицах от приборов MAG, CRS, PLS, PWS, LECP и PRA и отличались составом информации от УФ-спектрометра: UV-5A включал полный ее набор и требовал поэтому скорости 600 бит/с, а CR-5T – лишь некоторую его часть и вписывался в 160 бит/с.
При разработке новых форматов предусмотрели встроенный контроль ошибок в передаваемых данных и попутно решили ряд проблем «науки». За счет изменения порядка просмотра каналов датчика плазменных волн PWS удалось избавиться от помехи, которую через дефектный древовидный коммутатор создавал привод другого инструмента. Удалось снизить ошибку при измерении слабых магнитных полей и поднять вчетверо частоту опроса датчика заряженных частиц CRS. Для аппаратуры регистрации радиоволн PRA ввели интеграцию слабых сигналов на протяжении 6 секунд вместо 30 миллисекунд в первоначальном варианте, что увеличило ее чувствительность.
4 июня 1990 г. новая версия программы FDS с обозначением 11AF была запущена на одном из процессоров аппарата «Вояджер-2». За несколько недель ее опробовали в разных режимах и «вычистили» ошибки, а 7 августа перенесли на второй процессор FDS. Здесь пришлось побороться с несовпадением двух копий по контрольной сумме, и лишь 18 сентября в режиме прямой записи удалось добиться требуемого результата. Тем временем с 9 августа 1990 г. программа 11AF начала работать и на FDS «Вояджера-1». Она используется с необходимыми поправками вплоть до настоящего времени.
С начала этапа VIM проект лишился комплексного тренажера бортовых программ – он и до того давал частые сбои и требовал сложного ремонта, а переезда в новое помещение не пережил. С тех пор разработчики располагали лишь программным имитатором для процессора CCS, а для AACS и FDS его не было вообще. Поэтому после 1990 г. практически все изменения, за исключением самых простых, делались только в программах CCS. Они были написаны на ассемблере и могли модифицироваться с использованием уникального для проекта «Вояджер» псевдокода.