● планового считывания содержимого памяти бортовых компьютеров;
● модификаций базовой программы, запасной рабочей программы и алгоритмов реагирования на сбои.
Для облегчения составления текущих рабочих программ были подготовлены специализированные блоки команд. Это увеличивало объем занимаемой памяти по сравнению с написанием «с нуля» в машинных кодах, но резко сокращало трудозатраты.
Нумерацию текущих программ на «межзвездном» этапе полета начали заново: 2 октября 1989 г. на «Вояджере-2» вступила в силу программа B001, а «Вояджер-1» с 15 января 1990 г. исполнял программу A001. Первоначально их продолжительность была невелика, но в 1994–1997 гг. ее довели до полугода. Это оказалось неудобно, и с 1999 г. установился трехмесячный цикл обновления рабочих программ, а с конца 2010 г. и их стали дробить пополам. В результате первый КА работал в марте 2022 г. по программе A122, а второй – по программе B195; расхождение возникло потому, что начавшей свою работу 13 июля 1998 г. рабочей программе «Вояджера-2» вместо очередного номера B030 присвоили обозначение B100.
Начиная с 2007 г. стали появляться интервалы продолжительностью в несколько недель, когда на борту работала только базовая программа, без наложенной на нее дополнительной. Иногда дополнительную программу с определенным номером вообще не разрабатывали, а иногда передавали на борт с задержкой, уже после завершения работы предыдущей.
Для реализации разовых технических операций, выполнения отдельных научных задач, а также для поиска причин неисправностей и путей их обхода применялись так называемые мини-программы (mini sequence), которые создавались и загружались на борт по мере необходимости.
Запасная рабочая программа BML-7 была подготовлена и загружена на борт каждого КА на случай полного прекращения команд с Земли, например вследствие отказа приемника или дешифратора команд на борту. Логика ее применения была такова. В случае отсутствия команд с Земли в течение шести недель таймер BML обнуляется, но специальная подпрограмма CMDLOS срабатывает и взводит таймер вновь. При четвертой активации спустя примерно 24 недели после потери связи CMDLOS запускает BML-7, которая необратимо модифицирует основную программу. Отменяются тесты ASCAL и развороты типа MAGROL и устанавливаются оптимальные параметры системы ориентации, гарантируя выполнение измерений и передачу на Землю информации о космической среде в реальном масштабе времени и в записи. Обеспечивается последовательное снижение энергопотребления КА в темпе расчетного падения мощности радиоизотопных генераторов за счет отключения в заранее определенные даты ленточных запоминающих устройств и гироскопов системы ориентации.