Первоначальный перечень задач включал наблюдение активных галактик, квазаров, молодых голубых звезд и белых карликов. Измерение энергии, излучаемой ими в УФ-диапазоне, позволяло лучше понять рождение и смерть звезд. Многочасовые и даже многосуточные наблюдения одного и того же объекта давали надежду застать его в момент вспышки. Параллельно организовывались наблюдения на земных телескопах в видимом и ближнем ИК-диапазоне.
Тогда же ученых заинтересовало фоновое УФ-излучение межзвездного водорода. В период с 24 октября по 2 ноября 1990 г. провели первую серию совместных экспериментов, в ходе которых каждый КА сначала вел измерения в направлении, противоположном местоположению партнера, а затем с ориентацией спектрометром в сторону второго аппарата. Излучение фона восстанавливалось после вычитания информации об общем участке пространства между ними. Таким способом исследователи пытались зафиксировать «набегающий» межзвездный ветер.
Формально наблюдения в УФ-диапазоне были исключены из программы штаб-квартирой NASA в 1993 г., но в действительности они продолжались как обеспечивающие для достижения основной цели полета. «Вояджеры» картировали в ультрафиолете гелиосферу, наблюдали оба полюса Галактики и Солнце. С 8 июля по 17 августа 1994 г. второй КА почти непрерывно отслеживал Юпитер – до, во время и после падения на него фрагментов ядра кометы Шумейкеров – Леви 9. Одновременно велась регистрация события в радиодиапазоне, но ни UVS, ни PRA не зарегистрировали какой-либо реакции далекой планеты на это событие.
По мере удаления от Земли измерения с передачей данных в специальном «ультрафиолетовом» режиме UV-5A становились все более редкими и сложными в организации. На «Вояджере-2» они не проводились после трехсуточного сеанса 24–27 января 1998 г. На «Вояджере-1» в последний раз режим ультрафиолетовых наблюдений со сканированием небесной сферы был реализован 20–21 мая 2003 г. на удалении 89 а.е. от Солнца; полный набор информации от UVS в формате UV-5A принимался на испанской станции DSS-63. После этого ограниченная информация от UVS снималась лишь в составе 160-битного формата CR-5T.
С той конфигурацией борта, которую построили в 1990 г., с потреблением на уровне 309–311 Вт, аппараты прожили до осени 1995 г. К этому времени «Вояджер-1» располагал 342 Вт мощности, а «Вояджер-2» – 346 Вт.
17 октября 1995 г. состоялось первое на межзвездном этапе отключение потребителей на «Вояджере-1». Питание сняли с дополнительного нагревателя фотополяриметра PPS, резервного нагревателя радиометра IRIS и нагревателя оптики узкоугольного канала системы ISS, а взамен включили замещающий нагреватель УФ-спектрометра. Полезный эффект от этих мер составил 13 Вт.