1 сентября 1999 г., вследствие засорения одного из ЖРД канала рысканья, после 22 лет работы нарушилась стабилизация «Вояджера-2». Как мы помним, аппарат имел в общей сложности 12 двигателей ориентации – по две пары на каждую из трех пространственных осей – и с момента запуска использовал двигатели первого контура. Бортовые защитные алгоритмы распознали ситуацию и провели автоматическое переключение на второй контур (Branch 2) двигателей ориентации по каналам тангажа и рысканья. Земля, приняв аварийную 40-битную телеметрию и считав содержимое памяти, 4 сентября восстановила нормальную работу КА.
28 мая 2002 г. операторы в плановом порядке перешли на второй контур двигателей тангажа и рысканья и на «Вояджере-1». На нем же 4 мая 2004 г. прошло автоматическое переключение на второй контур двигателей канала крена вследствие выхода из строя нагревателя ЖРД – R.
На «Вояджере-2» переключение двигателей канала крена на второй контур было плановым. 4 ноября 2011 г. была заложена программа B154A, а 13 ноября она начала исполняться и произвела переключение. При этом в третий раз за полет случилась выдача ложной команды, но, к счастью, без последствий. Позднее была написана специальная «заплатка», которая выдает в дополнение к передаваемой инструкции серию «пустых» команд, не позволяя пройти потенциально опасным командам «собственного производства».
Старые двигатели «Вояджера-1» за 27 лет полета сработали 353 000 раз, а выведенные из работы ЖРД «Вояджера-2» использовались более 318 000 раз. С 2011 г. оба аппарата работали только на двигателях запасного контура.
С целью снижения энергопотребления 1 февраля 2007 г. на «Вояджере-2» отключили инфракрасный прибор IRIS. На первом КА днем раньше окончательно отменили запись данных плазменной подсистемы PLS и выключили неисправный прибор, а 9 мая – и его замещающий нагреватель.
Приборы PRA на обоих «Вояджерах» отключили в 2008 г.: 15 января на первом КА и 21 февраля на втором. Благодаря этому примерно на 6 Вт уменьшилось энергопотребление, а заодно снизился уровень шума в восьми нижних частотных каналах приемника плазменных волн PWS.
Весной 2008 г. два аппарата располагали 283–284 Вт мощности, из которых 243–245 Вт потреблялось системами и приборами и 39–40 Вт оставалось в резерве. Это было «желаемое» конечное состояние борта, все еще обеспечивающего работу аппаратуры для изучения полей, частиц и магнитных волн. Разумеется, бесконечно оно тянуться не могло.
22 апреля 2010 г. внезапно изменился формат научных данных, поступающих с борта «Вояджера-2», и они перестали поддаваться расшифровке на Земле. Так как вся служебная информация формата CR-5T поступала без изменений, специалисты заподозрили сбой при формировании научной части его «кадров». 1 мая операторы получили подробный статус бортовых систем в формате EL-40 и убедились, что причина неисправности кроется в компьютере подсистемы летных данных FDS. 12 мая с борта была получена полная карта памяти FDS, и оказалось, что один бит в ней изменил свое значение с «0» на «1» – по-видимому, вследствие попадания энергичной частицы. 19 мая на борт отправилась инструкция, в соответствии с которой злосчастный бит был возвращен в состояние «0». 22 мая «Вояджеру» отправили приказ вернуться в стандартный режим передачи научной информации, и 23 мая зонд возобновил нормальную работу.