3 сентября 1995 г. в 13:19 UTC процессор CCS-B на «Вояджере-1» испытал сбой, из-за которого, в частности, 5 сентября не был записан высокоскоростной кадр научной информации. 6 сентября по команде с Земли было считано содержимое памяти обоих процессоров, которое оказалось нормальным. 11 сентября на борт загрузили мини-программу, запуск которой восстановил нормальную работу процессора. Выполнение научной программы возобновилось с 12 сентября.
В результате описанного выше сбоя 12 ноября 1998 г. в радиокомплексе «Вояджера-2» прошло самопроизвольное переключение с усилителя X-диапазона TWTA-2 на TWTA-1. Когда операторы восстановили нормальную работу КА, они так и оставили в работе усилитель № 1. (На первом аппарате характеристики TWTA-2 серьезно ухудшились к десятой годовщине старта, и еще в октябре 1987 г. вместо него был включен TWTA-1.)
Расследование причин происшествия выявило проблему в блоке расшифровки и распределения команд питания аппаратуры, из-за которой он может выдавать в системы «Вояджера-2» лишнюю команду в дополнение к требуемой. Самопроизвольное отключение генератора S-диапазона в ноябре 1998 г. как раз и было первым замеченным случаем генерации ложной команды.
28 марта 2002 г. группа управления активировала на «Вояджере-1» запасной комплект электроники HYBIC1[106], взаимодействующий с приборами системы ориентации – солнечным датчиком и датчиком Канопуса. В основном комплекте HYBIC2 в течение двух предшествующих лет отмечались проблемы в одном из компонентов преобразователя, ответственного за превращение аналоговых данных от приборов в цифровую информацию для компьютера AACS. Структура системы заставила перейти на запасной комплект целиком, хотя к самим датчикам претензий не было. Несмотря на то что запасные устройства системы ориентации в последний раз включались и испытывались на подходе к Сатурну в 1980 г., тест 20 марта и само переключение прошли относительно гладко.
С годами стала заметна довольно быстрая деградация звездного датчика в этом запасном комплекте, в отличие от датчика в отключенном основном. К сожалению, перекрестно включить датчик и электронику невозможно, но есть надежда, что первый комплект на «Вояджере-1» за время простоя «излечился» и сможет работать.
Деградация аналогово-цифрового преобразователя идет и на «Вояджере-2», что может потребовать переключения на запасной комплект. В ходе эксперимента по переключению между двумя каналами HYBIC, проведенного 30 ноября 2006 г., во второй раз произошла выдача ложных команд, одна из которых привела к повреждению магнитометра.