«Пионер-11» был доставлен на мыс Кеннеди 15 февраля 1973 г., смонтирован на носителе 20 марта и стартовал с площадки LC-36B без всяких задержек в первый день астрономического окна, 5 апреля в 21:11:00,117 EST (6 апреля в 02:11:00 UTC). Носитель «Атлас-Центавр» за номером AC-30 и дополнительная ступень TE-M-364–4 отработали штатно, придав аппарату при отделении на 935-й секунде требуемую начальную скорость около 14 400 м/с. А вот начало полета станции выдалось горячим.
Когда начальную скорость вращения уже снизили тангенциальным двигателем SCT 1 и на 39-й минуте выдали команды на развертывание штанг с РИТЭГами, телеметрия показала, что одна встала в штатное положение, а вторая повернулась лишь частично. Работу бортового программно-временного устройства заблокировали и стали разбираться в ситуации.

После бурного обсуждения решили продолжить запланированные операции и выполнить разворот оси вращения, спасая от перегрева приборы в хвостовой части аппарата. Для этого несколько сотен раз на одной и той же фазе оборота вокруг оси включались два двигателя VPT, направленные вверх и вниз. Создаваемая ими пара сил воздействовала на аппарат, и ось вращения разворачивалась в нужном направлении. Операция прошла успешно, а от полученной встряски вторая штанга с РИТЭГами сама встала на место. После этого успешно развернули штангу магнитометра, подрегулировали скорость вращения, снизив ее с 5,4 об/мин до номинала, и началась обычная работа по проверке систем и включению научной аппаратуры. С 16 апреля центр управления полетом переместился из JPL в Центр Эймса.
Параметры орбиты станции «Пионера-11» на 16 апреля составили:
● наклонение – 3,07°;
● перигелий – 1,001 а.е. (149,7 млн км);
● афелий – 6,010 а.е. (899,2 млн км);
● период обращения – 2397 суток (6,56 года).
Второй аппарат шел поначалу по той же трассе, что и «Пионер-10», в точности исполняя роль дублера. Калибровку двигателей провели 10 апреля. Первая коррекция с приращением скорости 38,04 м/с состоялась 11 апреля с 11:50 до 12:09 UTC. Второй импульс 26 апреля был намного меньше – 1,06 м/с. Два маневра обеспечили пролет у Юпитера 4 декабря 1974 г. в 10:13 UTC на расстоянии 1,3 радиуса планеты, то есть примерно в 20 000 км над облаками, правее и ниже диска Юпитера, если смотреть с Земли.
Позднее эту траекторию предполагалось скорректировать. Рассматривались разные варианты сближения «Пионера-11» с Юпитером в зависимости от того, насколько безопасной и успешной окажется встреча с этой планетой первого аппарата. Помимо обычного пролета примерно в экваториальной плоскости на той или иной дистанции предлагались специальные варианты трассы с осмотром южного полюса планеты или с подробным изучением одного из спутников, а также гравитационные маневры с целью скругления гелиоцентрической орбиты, или для выхода КА из плоскости эклиптики, или же для сближения с Сатурном в 1980 г.