К середине мая, когда аппарат все еще использовал антенну среднего усиления MGA, операторы заметили медленное и нерегулярное снижение мощности бортового передатчика. Они заподозрили отказ работающего усилителя TWT-A в радиокомплексе КА и переключили передатчик на запасной TWT-B. Последующий анализ показал, что причина проблемы в чем-то другом, но запасной усилитель так и остался в работе.
18 мая станцию повернули на 4°, нацелили антенной HGA точно на Землю и переключили радиообмен на нее, увеличив его скорость вчетверо – до 2048 бит/с. К 5 июня опробовали все 12 инструментов, хотя ИК-радиометр и второй магнитометр HFM пока не были нужны.
На отлете от Земли детектор метеороидных частиц MD фиксировал вдвое меньше попаданий, чем на «Пионере-10». В первые недели было отмечено 12 событий, а затем, с отметки 1,2 а.е. от Солнца и до 2,3 а.е., – всего лишь одно. Это не означало, конечно, что пыли в Солнечной системе стало меньше, чем год назад. Так как регистрирующие ячейки прибора MD были защищены более толстой металлической фольгой, ее могли пробить частицы массой от 6 × 10>–9 г и размером от 0,021 мм. На «Пионере-10» предельные параметры составляли 8,3 × 10>–10 г и 0,010 мм. Пока можно было лишь заключить, что более крупных частиц примерно столько же, сколько и более мелких.
С 18 августа 1973 г. по 20 марта 1974 г. «Пионер-11» шел через пояс астероидов и получил в нем семь пробоев – вшестеро меньше, чем первопроходец этой трассы. Теперь получилось, что более мелкая пыль, к которой новый прибор нечувствителен, все-таки сохраняется в поясе, в то время как более крупной становится меньше. Впрочем, это был уже чисто научный вопрос: с точки зрения практики стало очевидно, что пояс астероидов не представляет угрозы для полетов.
Успешный пролет «Пионера-10» у Юпитера в декабре 1973 г. доказал, что второй аппарат действительно можно провести значительно ближе к поверхности и за счет этого перенаправить к Сатурну. Особенно настаивал на близком пролете Джеймс Ван Аллен, патриарх американской космической физики и постановщик эксперимента с гейгеровским телескопом GTT.
19 марта 1974 г. NASA объявило, что план Ван Аллена принят. Правда, первоначально выбранную новую траекторию с точкой прицеливания слева от Юпитера сочли слишком опасной. Было решено идти в облет значительно южнее. «Местная» гиперболическая орбита осталась обратной по отношению к вращению планеты, но ее наклонение составляло 51,8° к эклиптике и 55° к экватору Юпитера. Минимальную высоту утвердили на уровне 42 000 км – втрое ниже, чем у предшественника.