Сергею, как и его однокурсникам, было предложено влиться в состав строительного батальона для ведения фортификационных работ в прифронтовой зоне. Почти три дня добирались три сотни студентов до места назначения в одном из районов Брянской области. Расположились недалеко от места впадения речки Снопоть в Десну, где под руководством военных возводили оборонительные сооружения. Рабочий день длился от рассвета до заката. Городили дерево-земляные огневые точки, зачищали всё вокруг от кустов, чтобы пространство простреливалось без помех. Порой в отдалении слышалась канонада – немцы упорно рвались к Москве. Сергей понимал, что подразумевалось за официальными военными сводками с мест ожесточённых боёв – наши части отступали перед отмобилизованными, отменно вооружёнными частями противника. И вполне допускал, что сложенные их руками дзоты в конечном счёте будут захвачены фашистами. Но он, как и все, кто работал не покладая рук рядом с ним, верил, что возведённые ими укрепления хоть ненадолго, но задержат напор сильного врага.
Без малого два месяца московские студенты работали на строительстве оборонительных сооружений. Оружия у них не было, но что такое война, им дали почувствовать лётчики люфтваффе, которые несколько раз совершали налёты на позиции строительного батальона. С неба падали авиабомбы, мессершмитты поливали всё вокруг пулемётным огнём. Сергей Павлович с печалью вспоминал, как он прижимался в окопе к земле, чтобы невзначай не поймать пулю или осколок. Их нестроевое подразделение хоть и не числилось за регулярной армией, но всё-таки понесло потери – за время работ от обстрелов и бомбёжек погиб один студент и несколько были ранены.
Лишь в первой половине сентября отряд вернулся в столицу. Сергея впечатлило, что в Москве почти не было видно следов авиационных налётов врага. Студенты ещё месяц пробыли в городе, пока не вышел приказ по институту о их эвакуации. И за это время несмотря на частые завывания сирен он нечасто видел в московском небе фашистских стервятников. Из чего он справедливо заключил, что противовоздушная оборона города была отлажена до высокого уровня.
Студенты уезжали из Москвы организованно – специальный поезд был подан к перрону Казанского вокзала. Это было 20 октября 1941 года. Именно с этой даты днём ранее Госкомитет обороны СССР принял соответствующее постановление и ввёл в Москве и прилегающих к городу районах осадное положение. Сергей услышал чтение постановления по радио. Был введён комендантский час, армейские и милицейские патрули получили право по законам военного времени на месте расстреливать мародёров, бандитов, паникёров. Вспоминая свои ощущения того времени, Сергей Павлович отмечал, что воспринял этот суровый документ с холодком по спине. И в то же время он не мог его опровергнуть или опротестовать никаким внутренним чувством. Ведь он видел, что происходило в городе 15 и 16 октября, когда из-за слухов о приближении немцев началась паника. Толпы людей устремились к вокзалам, стремясь во что бы то ни стало покинуть город, началось разграбление магазинов с продовольствием и промтоварами. И жёсткость постановления ГКО в этой ситуации не казалась избыточной.