Не осталась неприступной и твердыня Правительствующаго Сената. Ни при одномъ министрѣ нельзя было встрѣтить въ министерской пріемной столько сенаторовъ, какъ при Муравьевѣ. Положеніе сенаторовъ, по закону было защищено отъ всякихъ вліяній, даже со стороны главы судебнаго вѣдомства. Но такое, по идеѣ независимое положеніе, фактически было недостижимымъ идеаломъ. Въ дѣйствительности, уже одно то, что содержаніе сенатора опредѣлялось каждый разъ по особымъ всеподданнѣйшимъ докладамъ министра (я на это уже указывалъ выше), а также дополнительныя милости, предоставляемыя сенаторамъ въ видѣ аренды, т. е. доходовъ изъ казенныхъ имуществъ; наконецъ, возможность перехода изъ одного департамента въ другой, считавшійся болѣе легкимъ или болѣе почетнымъ, все это позволяло министру юстиціи проявлять любезность или нелюбезность по отношенію къ отдѣльнымъ сенаторамъ. Поэтому исканіе расположенія министра юстиціи среди сенаторовъ сдѣлалось, къ сожалѣнію, довольно обычнымъ. Оберъ-прокуроры постепенно превращались въ тотъ каналъ, черезъ который могло проявляться вліяніе министра юстиціи на дѣла, находившіяся въ производствѣ. Самое назначеніе въ сенаторы зависѣло отъ министра юстиціи, но онъ былъ безсиленъ подобрать надлежащихъ кандидатовъ въ первый департаментъ Сената, куда обыкновенно назначались бывшіе губернаторы, почему-либо оказавшіеся не на мѣстѣ. Составъ перваго департамента Правительствующаго Сената, въ административномъ смыслѣ, можно сказать, главенствующаго, постепенно пополнялся отставными губернаторами и директорами департаментовъ, привыкшими къ служебной субординаціи; они усердно прислушивались къ тому, что отвѣчало видамъ высшаго правительства и соотвѣтственно рѣшали дѣла. При Муравьевѣ начало сказываться особое вліяніе администраціи на рѣшенія Сената въ дѣлахъ, имѣвшихъ политическое значеніе, къ каковой категоріи, конечно, отнесены были и еврейскія дѣла. Въ эту эпоху рѣшенія Сената по разнымъ принципіальнымъ вопросамъ мѣнялись соотвѣтственно настроеніямъ, идущимъ сверху.
Не будучи активнымъ антисемитомъ, Муравьевъ, однако, въ области еврейскаго вопроса проявлялъ уступчивость передъ настояніями министерства внутреннихъ дѣлъ. Онъ, конечно, не доходилъ до тѣхъ геркулесовыхъ столбовъ пользованія Сенатомъ, какъ орудіемъ политики, до какихъ дошелъ впослѣдствіи одинъ изъ его преемниковъ, Иванъ Григорьевичъ Щегловитовъ, но все же престижъ Сената при Муравьевѣ сильно упалъ, и о независимости Сената, о роли его, какъ Правительствующаго, приходилось забыть уже при Муравьевѣ.