«Я убежден в том, что КГБ непосредственно виновен в его убийстве, — говорит Глеб Якунин. — Скорее всего, они использовали свою агентуру или нашли убийцу из тех ненавистников, которых и сейчас в Лавре много, или из тех мракобесов, которых много в церкви — крайних радикальных консерваторов (он ведь был евреем и реформатором). Ведь он мог начать постоянную широкую проповедь на телевидении, что имело огромную силу… Но главным, на мой взгляд, было то, что, когда церковь перестала вмещать всех желающих услышать его слово, он начал создавать свои „десятки“ (малые группы), чтобы те, кто подготовлен, вел кружки христианизации. Вот это, я считаю, для чекистов явилось самым страшным. И это стало причиной того, что они решили его ликвидировать. Понятно, что в алтаре и за ящиком полно стукачей и там всё контролируется. Но попасть в квартиру к людям, которые никак не относятся к церковной иерархии, для них было невозможно. Они посчитали, что это — граница, которую он перешел. После убийства КГБ и Прокуратура вели игру „холодно-горячо“. Если следователи областной прокуратуры шли по правильному пути, то КГБ „бил им по рукам“, чтобы они прекратили отрабатывать этот вариант, т. е. КГБ специально загонял следствие в тупик. Это является косвенным свидетельством того, что убийство отца Александра было совершено по распоряжению Госбезопасности. <…> Еще немного, и он вышел бы на широкую проповедь на центральном телевидении, и он бы в любом случае погиб, как Иоанн Креститель. Судьба подлинных пророков быть гонимыми и даже убитыми своими врагами»[358].
Не вызывает сомнений, что сотрудники КГБ следили за отцом Александром до последнего дня его жизни. Как рассказал историк Олег Устинов, еще в августе 1976 года председатель поселкового Совета Семхоза Михаил Остренок встретил недалеко от дома отца Александра, на тропинке, ведущей от станции, двух вышедших из-за деревьев молодых мужчин в серых костюмах, которые предъявили ему красные удостоверения КГБ СССР и долго расспрашивали о том, что он знает об отце Александре Мене и его семье. Их интересовало всё до мельчайших деталей. «Вы знаете, зачем мы здесь? — задал вопрос Михаилу один из них. — Мы здесь для того, чтобы за трое суток до приезда к отцу Александру гостя из Америки и в течение трех суток после его отъезда наблюдать за всеми, кто идет по этой тропинке в его дом, и знать даже цвет пробегающего здесь кота».
Мария Витальевна Тепнина, на три года пережившая своего воспитанника, с безошибочной интуицией человека, прошедшего лагеря и ссылки, четко определила: «Это КГБ». Павел Мень считает, что КГБ убил отца Александра из мести после долгих лет безрезультатных преследований. В пользу этой версии говорит и тот факт, что все записи последних телевизионных выступлений отца Александра оказались размагниченными либо исчезли. «Видимо, „они“ не могли допустить и того, что в следующую пятницу, 14 сентября 1990 г., должен был открыться христианский канал на всесоюзном ТВ, и именно о. Александр возглавил бы его, — пишет Наталия Большакова. — Вечером 14 сентября в эфир должна была выйти его передача „Библейские беседы“. Все видеозаписи бесед отца Александра, сделанные журналистами и операторами этого канала, после убийства пропали бесследно».