Через несколько дней Павел Анатольевич получил назначение на должность начальника нового 9-го отдела МВД с подчинением непосредственно министру. Назначение обрадовало Судоплатова, оно открывало новые перспективы большой и интересной работы. Начался пересмотр главных задач в деятельности органов госбезопасности, которые касались непосредственно 9-го отдела. Этот отдел, более известный как Бюро специальных заданий, должен был иметь в своем подчинении бригаду специальных войск особого назначения для проведения диверсионных операций за рубежом.
«Берия приступил к осуществлению еще одной инициативы, — вспоминал Судоплатов. — На сей раз она касалась моего участка работы. На совещании начальников разведслужб Министерства обороны и МВД он резко критиковал Рясного, последнего начальника зарубежной разведки МГБ, выдвиженца Хрущева, за примитивные и малоэффективные методы. Берия сказал, что сейчас главной задачей является создание мощной базы для проведения разведывательных операций в Германии, для этого нужно использовать то, что осталось от прежней агентурной сети “Красной капеллы”. В странах, граничащих с Соединенными Штатами Америки, надлежало усилить позиции нелегалов. Необходимо также, продолжал он, подготовить решение правительства, обязывающее МИД, Министерство внешней торговли, ТАСС и другие советские загранучреждения расширить поддержку операций советской разведки за рубежом…
Одновременно Берия и Круглов одобрили мое предложение привлечь к активной работе в новой структуре внутренних дел наших специалистов по разведке и партизанским операциям. Василевский, Зарубин и его жена, Серебрянский, Афанасьев, Семенов, уволенные из органов, вновь были возвращены на Лубянку и заняли высокие должности в расширенном 9-м отделе МВД, но через три месяца после моего ареста их снова уволили, а Серебрянского арестовали вскоре после меня, и он скончался в тюрьме».
Между тем в высшем руководстве страны обстановка становилась все более напряженной, о чем Судоплатов, увлеченный новой работой, видимо, не догадывался. Позже он подчеркивал: «В описании событий, связанных с арестом Берии, ряд наших и зарубежных историков упускал из виду, что фактическое руководство страной после смерти Сталина в марте — июне 1953 года было в руках не “тройки” — Маленков, Берия и Молотов, а “четверки” вместе с Хрущевым. Его роль была весьма значимой, ибо решением Пленума ЦК КПСС 5 марта 1953 года именно ему, совместно с Маленковым и Берией, “было поручено привести в порядок все документы в секретариате товарища Сталина”. Положение Хрущева в руководстве ставило его в исключительно выгодную позицию поочередного блокирования с любым влиятельным членом Президиума ЦК. Именно он, почувствовав уязвленность Молотова амбициями Берии во внешней политике, устроил заговор первоначально против Берии, а затем и против Маленкова».