На юге страны святитель Иннокентий столкнулся со сложными проблемами братьев по вере – греков и болгар, живших под властью турок. Благодаря его инициативе в Константинополе был воздвигнут православный храм для болгар, а в Одессе он создал болгарское подворье, благодаря чему выросла эмиграция болгар из Османской империи. Болгар и греков, по его распоряжению, принимали в Херсонскую духовную семинарию. «За большие труды для пользы Греческой Церкви в трудные годы ее бытия» архиепископ Иннокентий был награжден греческим орденом Спасителя 1-й степени – это был единственный случай награждения российского подданного этим орденом.
Преосвященный Иннокентий проповедовал почти за каждым своим богослужением. Его проповеди, не отличаясь оригинальностью и смелостью мысли, тем не менее по-прежнему производили глубокое впечатление на слушателей. Появляются их издания на французском, немецком, польском, сербском, греческом и армянском языках.
В 1853 году Россия оказалась втянутой в Крымскую (Восточную) войну. Видимым поводом для решительных действий императора Николая I послужил спор с Османской империей за права балканских христианских народов, находившихся под властью турок, а также с Францией – за контроль над Святыми местами в Иерусалиме. В действительности же русский император возомнил себя вершителем судеб Европы и вознамерился покончить с «больным человеком Европы», с Османской империей, в результате чего Россия должна была получить контроль над Константинополем и черноморскими проливами, а болгары, сербы, черногорцы – полную государственную самостоятельность. Но Николай I просчитался. Европейские страны опасались России и не желали ее усиления. Они поддержали турецкую сторону против России, вследствие чего наша страна в одиночку столкнулась с вражеской коалицией. Положение усугубляла значительная экономическая отсталость России, еще сохранявшей крепостное право. Отставание от Запада было ощутимо также в вооружении, снабжении и организации войск русской армии. Боевые действия начались на берегах Дуная, а в 1854 году были перенесены на территорию Российской империи: 13 сентября англо-франко-турецкая армия высадилась на побережье Крыма возле Евпатории.
Мирное население Одессы еще раньше на себе испытало ужасы войны: 10 апреля, в Страстную Субботу, город был подвергнут бомбардировке 9 французскими и 21 английским кораблями. Вражеские орудия били по береговым батареям, по гавани и по предместью Одессы. Были убитые и раненые.
В соборе при звуках взрывов раздались истерические рыдания и вопли, но распахнулись царские врата, и из алтаря вышел владыка Иннокентий. «Вы устрашились сего бранного звука, произведенного вражескою рукой, и, стоя на молитве в этом святилище, не устыдились пасть на землю по маловерию… Но какой ужас и страх обымет грешную душу, когда возгремит архангельский глас трубы, чтобы призвать нас на всеобщий суд!..» (66, с. 578).