Общеизвестно, что икона играла огромную роль в Русской православной церкви. Тем временем в 1655 г. Никон приказал носить по городу иконы т. и. фряжского или польского письма с изображениями святых, у которых были заранее выколоты глаза, затем в Успенском соборе он их разбивал об пол и приказывал сжечь. Такое поведение главы православной церкви вызывало у простого народа и низшего духовенства ужас и привело к росту недоверия. Во многих московских церквях в 1656 г. с удивлением прислушивались к анафемам, которым патриархи восточных церквей предавали тех, кто крестился двумя перстами, сравнивая таковых с «еретическими армянами» [Макарий 1910: 170–171; 1855: 154–158; Каптерев 1909–1912: 153–157, 179–180; Тулупов 1914: 1042–1045]. Старообрядцы утверждают, что это был вызов, брошенный всему русскому народу, предки которого крестились только таким способом, и тем самым всем святым, которых родила Русская земля. Ввиду того что новый способ крещения не был одобрен большинством общественности, на соборе в 1656 г. было решено отлучить от православной церкви всех тех, кто по-прежнему крестился двумя перстами. К тому же на этом соборе было принято решение об издании переведенного с греческого языка произведения иеромонаха Иоанна Нафанаила под названием «Скрижаль». В этом произведении были затронуты вопросы литургии, таинств и обрядов, так, как они понимались на православном Востоке. Кроме того, было принято постановление о включении в эту книгу ряда постановлений и приказов [Каптерев 1909–1912: 193–195; Dębiński 1910: 19]. Затронутые в книге вопросы до сегодняшнего дня являются причиной разногласий между старообрядцами и православной церковью.
Предводители оппозиции виновником всего зла считали только Никона. В отчаянии из-за происходящего, они многократно жаловались на патриарха царю, рассчитывая на то, что он осудит Никона, вернет старые обряды и изымет из обращения новые исправленные книги. К сожалению, ответа они не получили. Общее порицание вызвало также изображение четырехконечного креста на просфорах, троекратное повторение возгласа «Аллилуйя» во время богослужения вместо двукратного. Наконец, представители оппозиции обвинили Никона в еретичестве, назвав его «вестником Антихриста». Сопротивление стало причиной ссылок несогласных в отдаленные области страны. В провинции они представлялись угнетенному народу мучениками за старую веру и зачастую пользовались уважением. К тому же церковные власти стали повсюду отнимать у народа старые книги, а вместо старых присылали новые, что многие священники оценили как попытку искоренения старой веры и обрядов с целью введения вместо нее неправославной, еретической веры [Мельников 1909: 6; Каптерев 1909–1912: 125–127; Макарий 1855: 161–162, 166; Заволоко 19376: 108–109].