В своей деятельности Никон не ограничился только церковными делами – он стал также вмешиваться в государственные дела и внешнюю политику государства, что напугало бояр, которые якобы боялись его больше, чем царя. В конце концов, когда Никон уже начал открыто провозглашать принцип превосходства духовной власти над светской, его теократические стремления вызвали недовольство царя, вследствие чего в 1658 г. он был вынужден отречься от патриаршего престола [Рущинский 1871: 155; Заволоко 19376: 106–107; Зеньковский 1970: 242–250]. Многие противники Никона смогли вернуться из ссылки в Москву, среди них был и протопоп Аввакум. Со всех сторон посыпались челобитные к царю с жалобами на Никона и введенные им новшества [Макарий 1855: 167–174; Гудзий 1960: 185–190; Jakubowski 1972: 294–299]. В сложившейся ситуации Алексей Михайлович в 1666 г. созвал собор Русской церкви, который, к величайшему разочарованию защитников старой веры, признал восточные церкви православными, повторно утвердил соборные постановления 1654 г., а также осудил все челобитные и их авторов. Кроме того, на соборе было принято решение разослать по всем приходам специальные «поучения» для духовенства с рекомендацией безусловного подчинения церковным властям. Был также издан приказ опубликовать трактат Симеона Полоцкого (1629–1680) «Жезл правления», направленный главным образом против челобитных Лазаря и других [Субботин 1874–1894/2: 49– 186]. <Изданные Н. И. Субботиным «Деяния собора» были написаны Симеоном Полоцким латинским алфавитом и содержат большое количество полонизмов. На с. 49–5 °Cубботин поместил репродукцию первой страницы автографа Симеона Полоцкого>
На следующий год Алексей Михайлович снова созвал собор, в этот раз с участием Александрийского патриарха Паисия и Антиохийского патриарха Макария III, которые привезли с собой полномочия от двух остальных патриархов восточных православных церквей. В декабре 1667 г. «великий» греческо-русский собор утвердил постановления предыдущих соборов, признав проведенные реформы законными, и пригрозил анафемой тем, кто осмелился бы выступить против постановлений собора. На этом соборе были осуждены постановления Стоглавого собора, принятые, как утверждалось, по простоте и невежеству, а также «Житие ев. Евфросина», якобы искаженное биографом [Субботин 1874–1894/2: 187–412; Определение собора 1666]. Как «Жезл правления», так и «Житие ев. Евфросина» до настоящего времени лежат в основе полемики, которую ведут старообрядцы с Русской православной церковью. Все те, кто не подчинился постановлениям собора, были названы официальной церковью и государством «раскольниками». Таким образом, раскол в Русской православной церкви становился реальностью [Каптерев 1909–1912: 448]. постановления собора 1667 г. были отменены только 1 июня 1971 г. [Никодим 1971: 63–73]>