.
Опасность захвата Крыма врагом заставила Ставку ВГК использовать практически все силы Черноморского флота для обороны полуострова. Но этого было явно недостаточно. Становилось очевидным, что одновременная оборона Одессы и Крыма является непосильной задачей в условиях сложившейся ситуации на южном крыле советско-германского фронта. Одесса оказалась в глубоком тылу наступавших войск противника, возникла угроза потери Крымского полуострова. В конце сентября Одесса еще могла сдерживать натиск врага, сковывая здесь его значительные силы. Но противник нацелился на Севастополь, и стратегические соображения требовали эвакуации войск Одесского оборонительного района в Крым, чтобы поддержать его защитников.
Военный совет Черноморского флота 29 сентября доложил в Ставку о том, что создалась реальная угроза захвата врагом Крымского полуострова, так как 51-я отдельная армия не в состоянии сдерживать натиск превосходящих сил гитлеровских войск и находится на грани катастрофы. Кроме того, Военный совет флота просил Верховного главнокомандующего принять решение об эвакуации Одессы и переброске войск Одесского оборонительного района в Крым. Такое решение Ставка ВГК приняла в тот же день.
В 1 час 10 минут 30 сентября директива Ставки ВГК № 002454 за подписью Сталина и Шапошникова об эвакуации Одесского оборонительного района была направлена командующим Черноморским флотом, Одесским оборонительным районом, 51-й отдельной армией, народному комиссару военно-морского флота. В ней отмечалось следующее: «В связи с угрозой потери Крымского полуострова, представляющего главную базу Черноморского флота, и ввиду того, что в настоящее время армия не в состоянии одновременно оборонять Крымский полуостров и Одесский оборонительный район, Ставка Верховного главнокомандования решила эвакуировать Одесский район и за счет его войск усилить оборону Крымского полуострова.
Ставка приказывает:
1. Храбро и честно выполнившим свою задачу бойцам и командирам Одесского оборонительного района в кратчайший срок эвакуировать войска Одесского района на Крымский полуостров.
2. Командующему 51-й отдельной армией бросить все силы армии для удержания Арабатской стрелки, Чонгарского перешейка, южного берега Сиваша и Ишуньских позиций в своих руках до прибытия войск Одесского оборонительного района.
3. Командующему Черноморским флотом приступить к переброске из Одессы войск, материальной части и имущества в порты Крыма — Севастополь, Ялта и Феодосия, используя по своему усмотрению и другие удобные пункты высадки.