В Медико-хирургической академии тем временем происходили перемены. Как говорили, «пеликаны улетели»: ушел в отставку президент Пеликан, следом уволился его сын Евгений, профессор судебной медицины и токсиколог, кстати, занимавшийся в лаборатории Зинина. 24 января 1857 года президентом МХА стал 42-летний Петр Алексеевич Дубовицкий. Он добился подчинения академии непосредственно военному министру, минуя всяческие департаменты, и развил кипучую деятельность. Значительно увеличилось число изучаемых дисциплин, появилось восемь новых кафедр, в том числе кафедра психиатрии Балинского и кафедра гигиены. Кабат, прежде проводивший лишь практические занятия в госпитале, наконец-то получил кафедру и клинику глазных болезней. Для студентов резко уменьшили число переводных и триместровых экзаменов, что было гуманно, но пошло во вред дисциплине. 11оявился Институт врачей, снабжавший педагогическими кадрами и саму академию, и университеты. Возобновились строительство новых зданий, ремонт госпиталей и клиник, славившихся своими «ужасами».
Ближайшими помощниками Дубовицкого были вице-президент академии Иван Тимофеевич Глебов и — Зинин. Благодаря им решительный перевес в Конференции «русской партии» на некоторое время свел на нет партийную борьбу и разрешил ситуацию, когда для студентов «вражеских» кафедр систематически не находилось то трупов, то препаратов. Глебов перешел в Петербург из Московского университета, поэтому вскоре была приглашена преподавать целая плеяда тамошних выпускников — Боткин, Сеченов, Юнге. Дубовицкий наибольшее внимание уделял клиникам, Глебов и Зинин — изучению теоретических дисциплин. Зинин с 1852 по 1864 год был ученым секретарем академии и входил чуть ли не во все комиссии, бесконечно учреждаемые по любому поводу. Идею, что «нужно еще не лечить, а только подготовлять будущим врачам материалы для уменья лечить», Чернышевский, можно сказать, позаимствовал у Зинина — тот всячески отстаивал первенство естественных наук в медицинском образовании. Кафедра химии расширялась. Вернувшись из поездки с Кабатом, Бородин смог перейти к Зинину ассистентом и стал руководить практическими занятиями второкурсников. Через два года он уже руководил аналогичными занятиями в Институте врачей, читал там курс химии в приложении к физиологии и патологии и курс истории развития химических теорий. Яростно громил он дуалистическую электрохимическую теорию Йёнса Якоба Берцелиуса, устаревавшую на глазах, и страстно пропагандировал новую тогда идею Шарля Жерара о реакциях двойного разложения.