Определяющее влияние народного творчества прежде всего сказалось на создании Хандошкиным самобытного русского концертного жанра «Русская песня с вариациями». Оттолкнувшись от бытовавших прототипов он сумел поднять этот жанр до больших обобщений.
Весьма своеобразное преломление нашли народные истоки в его сольных сонатах. Видимо, и его скрипичные концерты, о которых встречаются упоминания, отличались оригинальными чертами, так же как и балеты.
Оригинальность формы, тонкость и разработанность фактуры, ее полнозвучность, импровизационность, богатая фантазия в вариационной разработке материала — все это сделало произведения Хандошкина вершиной скрипичной музыки России XVIII века, они не утеряли своего художественного значения и поныне.
К сожалению, до нас дошло сравнительно немного его сочинений. Более ста «русских песен с вариациями» принадлежали его перу, мы же располагаем в том или ином виде лишь тридцатью образцами. Сохранились лишь три сонаты для скрипки соло, а еще Одоевский указывал на двенадцать сонат Хандошкина, среди них — соната «На смерть Мировича».
Утеряны концерты Хандошкина, балетная и оркестровая музыка, балалаечные, гитарные, фортепианные пьесы. Забыты и педагогические указания замечательного музыканта. Некоторые произведения, опубликованные в последние годы, вызывают сомнение в принадлежности их Хандошкину («Чувствительная ария» и Концерт для альта). Слишком уж отличны они по стилю и характеру образности от творчества замечательного скрипача.
Русские песни с вариациями Хандошкина предназначены как для солирующей скрипки, так и для различных ансамблей — двух скрипок, скрипки и альта, скрипки и баса. Партия первой скрипки изложена виртуозно и изобилует порой сложными элементами скрипичной техники и звукоподражательными моментами. Вторая скрипка, по народным традициям, выполняет не столько аккомпанирующую роль, сколько самостоятельного подголосочного варианта, хотя и гораздо менее сложного, чем первый голос. В то же время и второй голос, и бас используют более плавные формы движения, их диапазон узок, фактура напевнее.
Хандошкин использует тембровые сопоставления голосов, различие фактуры, штрихов для создания сочной звучности, выразительности. В кульминационных местах он прибегает к максимальной широте диапазона голосов, создавая ощущение пространственности, «стереофоничности» звучания. Вместе с тем он старается выделить каждую вариацию в небольшую самостоятельную пьеску, эпизод, применяя такие выразительные средства, как pizzicato, флажолеты, игра под сурдинку, имитация гитарных и балалаечных звучностей, игра на одной струне и т. д.