Широко применяется им орнаментика, опевание опорных звуков, мелизмы, трели и т. д., приводящие порой к виртуозным каденциям, как бы выросшим из них. В этом отношении характерна вторая вариация песни «Взвейся выше, понесися, сизокрылый голубочек». Одним из необычайно колоритных примеров опевания может служить и изложение темы в Вариациях «Дорогая моя гостейка».
Полнозвучное, мощное изложение встречается во многих вариациях. Интересна насыщенностью тембра шестая вариация песни «Что пониже было города Саратова». Характерно, что это — заключительная вариация небольшого цикла, в каждой вариации которого использованы двойные ноты и аккордовая техника, но наибольшей монолитности и глубины звучания Хандошкин достигает именно здесь, создавая настроение величавого течения музыки.
Обычно Хандошкин использует в вариациях фактурные изменения, реже — тембровые. Во многих вариациях, особенно виртуозно изложенных, он порой довольно далеко отходит от контуров темы, сохраняя лишь некоторые опорные интонации и строго соблюдая протяженность. Поэтому он выписывает на каждый вариационный цикл один бас.
Количество вариаций на тему у Хандошкина изменчиво. Наибольшее количество вариаций мы встречаем в цикле на песню «Калинушка», содержащем 40 вариаций. Наименьшее число вариаций у Хандошкина составляет 5—6.
Обычно к концу цикла фактура сгущается, наступает наиболее полный охват грифа, расширяется диапазон. Особенно любит Хандошкин заканчивать цикл разложенными арпеджио, густыми аккордами, «вязкой» фактурой тридцатьвторых, создающих ощущение вихревого движения. Внутри вариаций он стремится либо к развитию фактурных моментов от вариации к вариации, либо к контрастной их смене, тем самым достигая единства цикла.
Русские песни с вариациями сыграли огромную роль в формировании русского инструментального стиля, в развитии методов варьирования. Хандошкиным впервые даны интересные образцы фактурных и орнаментальных вариаций, оказавших большое влияние на развитие русской музыки. Достаточно вспомнить Арию Людмилы с орнаментальными скрипичными вариациями в оркестре из чётвертого действия оперы «Руслан и Людмила» Глинки.
Скрипичные сонаты Хандошкина, по выражению Асафьева, являются, образцами «концертно-камерного стиля». В ту эпоху в аналогичном жанре мы встречаем только клавирные сонаты Бортнянского. Но последние — более утонченны, «галантны», ближе стоят в чем-то к образцам, связанным с придворным музицированием. Сонаты Хандошкина ближе народному искусству, высечены более мужественной рукой.
Три сольные сонаты (1781) раскрывают выразительные возможности скрипки как самостоятельного полнозвучного концертного инструмента. Эти сонаты можно рассматривать и как попытку воссоздать средствами одного инструмента звучание народного ансамбля из двух скрипачей. Стиль этих сонат — гомофонный, с использованием, порой значительно, элементов народной подголосочной полифонии.